1938年7月，慕究理女子学校增设初中部，招收初中生；变只收女生为男女生兼收，结束了长达50年的女子学校的历史，学校也因此改名为私立慕究理学校(一说校名为扬州浸会慕究理学校)；再次改变学制，变为“六三三制”，即小学六年、初中三年、高中三年；计十二个班，一百多名学生。
1941年12月，太平洋战争爆发，美英对日宣战，慕究理学校校舍被日军占据，不得不停办。
1951年4月
学校才改名苏北育才小学
抗战胜利后，1946年，学校重新开学，总校名仍为扬州私立慕究理学校。中小学分开，小学部在原寿安寺巷的校区，名私立慕究理小学；中学部在其西边，即原邗江县委党校校址，名私立慕究理中学。扬州城区的另一所教会学校——懿德小学复校，名私立慕究理第二小学。后这所学校又改回原名。
1949年1月，扬州解放。2月，中国人民解放军扬州军管会接管学校。
7月，私立慕究理中学并入区立扬州中学(即今扬州中学)，不复存在。
同年秋，市政府批准私立慕究理小学继续办学，并发给印章。
1951年4月，学校改为公办，定名为苏北育才小学。
