菲律宾与中国华南隔海相望，自古就是华人移居的重要目的地。明初郑和七下西洋后，中国声威所及，菲律宾的吕宋、苏禄等国都时断时续地同明廷保持着朝贡贸易。到16世纪70年代，移居菲律宾的华人逐渐增多。当时明王朝部分开放海禁，刚殖民菲律宾的西班牙对商品和人员极为渴求。华侨的增多，令晚期明帝国与西班牙在菲律宾产生碰撞。
殖民者肆意屠杀旅菲华侨
1565年，西班牙殖民者入侵菲律宾，攻占宿务岛，1571年侵占吕宋，建马尼拉城。西班牙人对菲律宾统治初期，对前往菲律宾的华人采取拉拢政策，因为菲律宾当时的经贸发展要仰赖华人的努力和贸易。但随着华人影响的提升，西班牙殖民者与华人的矛盾开始凸显，并最终导致1603年的大屠杀。1574年，活跃于福建一带的私人武装头领林凤差点攻占马尼拉，让西班牙殖民者对华人大为恐惧。1593年，菲律宾总督达斯马里纳斯远征摩鹿加群岛，由于他强迫华侨充当桨手，引发不满。途中，达斯马里纳斯所在旗舰上的华侨潘和五等人奋起反抗，将船上包括总督在内的西班牙人几乎尽数杀死（仅12名士兵死里逃生），随后驾船远走。这次事件后，马尼拉当局煽动排华浪潮。在这一背景下，1594年初，一支中国船队在福建官员带领下，载着士兵和武器到达马尼拉，接回3000名华人。
西班牙殖民者大肆屠杀华人
1603年，菲律宾岛又出现传闻：中国皇帝有意占领菲律宾以获取这里的黄金。传闻源自一名在吕宋生活多年的木匠，他称吕宋有一座机易山，“其上金豆自生”。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况菲岛华侨众多，因此疑心中国想“开疆裂土”。随着排华情绪渐浓，西菲当局欲迫害甚至屠杀华侨的意图越来越明显。
1603年10月3日，不愿坐以待毙的华侨爆发起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计，至少2万华侨被杀。
马尼拉忧心明廷报复
大量屠杀华侨对菲律宾本土经济产生致命影响，物资匮乏、经济萧条。当局财政状况恶化，甚至需要借贷度日。
西班牙舰队
西班牙人忧心中国商船不再到来，会令遥远的美洲受到波及。更大的恐惧是，他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备，但军队士气低落，口粮严重不足。殖民者只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。1604年6月，一批对前途悲观的富人离开马尼拉，举家迁往墨西哥。
西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分发还华侨商人的财产，发动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件，于1603年12月10日乘船前往澳门，并趁机刺探中国有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对中国比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述华侨起义事件，并附上致中国官员函件的副本，让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。奎瓦一行因遭遇风暴于1604年2月折返马尼拉，2月25日又由150名西班牙士兵和1名神父陪同再赴澳门。但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交中国方面。
