面对陌生的海域和未能预料的台风，郑成功的船队一下子陷入了绝境。舰船在巨大的风浪中不堪一击，有的直接葬身鱼腹，有的四散漂流，有的则在大陆海岸搁浅。郑军官兵和家眷伤亡惨重，仅溺水而死的就有8000余人，其中甚至还有郑成功的妃嫔和3个儿子。
这次猛烈的台风阻止了郑成功北上的步伐，也暂时化解了清军面临的危局。再次北上 基本消灭了清军海上力量
顺治十六年（1659年）五月十三，郑成功再次率领大军从浙江沿海出发北上。此时，郑军共有大小舰船3000余艘，兵马10余万。他首先攻占定海（今浙江舟山），全歼了清军定海水师，焚毁船只100余艘，基本消灭了清军的海上力量，也解除了进军长江的后顾之忧。
五月十九，郑军抵达吴淞口，郑成功派人秘密联络守卫此地的清朝苏松提督（相当于军分区司令）马逢知。马逢知一直对清廷心怀不满，主要是因为清军的军制问题。清军主要分为八旗军和绿营军两个系统。八旗包括满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗，是清朝皇帝们最为信任的嫡系部队。绿营又称“绿旗”，清初时大多由原明朝降军改编而来。绿营的人数虽然远超过八旗，但得不到满清政府的真正信任。因此，在武器装备、军饷待遇、军官升迁等方面都不如八旗军。因此马逢知作战时消极怠工，只求保存实力。
六月初一，郑成功到达长江江阴水域，清军紧闭城门，不敢出战。郑成功越过江阴溯江而上。六月十六攻下瓜洲，六月廿二镇江知府戴可进开城投降。郑成功大军顺利打开了通往江宁城的锁钥。攻占镇江之后，郑成功的部将甘辉建议立刻派兵从陆路抄近道日夜兼程直取江宁。当时清军刚刚大败，士气低落，江宁“城大兵单”，是进攻的最佳时机。但郑成功却认为江宁早晚是自己的囊中之物，对甘辉的建议不以为然，坚持以舰队为核心，稳扎稳打逐步推进。
