郑成功苦劝父亲不要轻信清朝的许诺，但郑芝龙一意孤行。抵达福州后，郑芝龙与清廷使者相谈甚欢。谁知三天之后，清军突然半夜拔营而起，返回北京，郑芝龙也被裹挟前往。此后一直被清廷软禁看管在北京。郑成功兵败南京之后，郑芝龙也被清廷杀掉了。
郑成功，郑芝龙长子，幼年时期一直生活在日本平户，母亲田川氏是日本人。7岁时被父亲接回故乡居住。15岁就以优异成绩考取南安生员，19岁赴福州乡试，21岁进入当时的最高学府南京太学读书，拜名儒钱谦益为师。郑芝龙降清后，大批部将相继投降，但郑氏集团之中仍有不少将领率领义军坚持抗清。其中，郑成功尤为坚决。他的军队也成为反清复明最具实力的一股力量。郑成功利用海上优势频繁进攻清军沿海防守薄弱的据点，多次得手。1648年攻克同安，1649年占领云霄（今属福建），1652年围攻漳州，1654年再攻漳州，1655年攻占舟山，1656年攻克广东揭阳、普宁、澄海（今汕头市澄海区）、闽安镇（今福州市马尾区）等地。闽、浙、粤三省海域都成了他的势力范围。
在军事实力不断增强的同时，郑成功不再满足于对大陆沿海浅近纵深地区的争夺，他很快就将战略目标锁定为江宁。
若能拿下江宁，其在怀着故国之思的广大汉人中的号召力将是不可估量的。此外，控制江宁即等于控制了江南富庶之地，可以为反清事业提供强大的经济支撑，同时也切断了江南对北方清政府钱粮赋税的供应，削弱其经济基础。郑成功的计划是，占领江宁，恢复东南半壁江山；而后，再挥师北伐，直捣幽燕。300多年前，长江入海口在今天的江阴附近，南京城到长江入海口的距离也比现今近很多。从海上来的船队可直逼江宁，这就能充分发挥郑成功水上作战的优势。
