抗战时期，在抗日救国的旗帜之下，冯玉祥与蒋介石关系总体是较为缓和的，冯服从蒋的领导，蒋尊重冯的意见。在民族危亡关头，冯玉祥对蒋介石做了三件事：不断激励蒋坚定抗战决心；注意维护蒋的领袖地位和尊严；也敢于批评蒋的不足。
抗战爆发后，冯玉祥呼吁联合抗日，反对妥协投降。当时恐日症、亡国论甚盛。抗战时期，蒋更几经动摇。在1939年1月的国民党五届五中全会上，蒋介石曾解释“抗战到底”的意义说：“我们这次抗战的目的，当然是要恢复卢沟桥事变以前的状态，如果不能达到这个目的，就不能和日本开始谈判，假使能够恢复卢沟桥事变以前的状态，可以开始谈判，以外交的方法解决东北问题。”
实际上，关于“抗战到底”，冯玉祥早就有过解释。在1938年10月的武昌最高国防会议上，汪精卫与白崇禧、冯玉祥谈论什么是“抗战到底”，冯回答说：“把所有的失地都收回来，不但东北四省，就是台湾和琉球各岛，都要交给我们，并且日本帝国主义无条件的投降，这就是抗战到底。”这当然使汪精卫很不喜欢，当时蒋也在场，但没有关于他表态的记录，很多资料显示，蒋介石在抗战前期，一面对日作战，一面又通过各种渠道与日本秘密谈判，蒋的谈判虽是虚虚实实，有时不失为一种策略，但难免有脚踩两只船之嫌。对于蒋介石可能产生的动摇，冯玉祥为其痛陈利害，冯以赤壁之战前孙权与鲁肃的对话启发蒋指出：“汪精卫一班人为了富贵，什么坏事都敢做。委员长您只有抗战这一条路，失败也是成功，成功也是成功。”冯甚至要求蒋效仿孙权，砍掉桌子的一角，以表明抗战到底之决心。蒋介石对冯玉祥的意见非常赞成，当晚，冯玉祥将谈话要点在长沙广播，这使大家都知道了蒋介石有抗战的决心。
蒋介石当时身处最高统帅位置，冯玉祥清楚懂得拥护蒋介石的重要性，处处注意维护蒋的领袖尊严。
