在凯瑟琳·帕尔及其教师的影响下，伊丽莎白成为了一个新教徒，而她的姐姐玛丽则是一位虔诚的天主教徒。当她的姐姐玛丽登上英国王位之后，因伊丽莎白的宗教信仰，宫廷又酝酿着一场政治风暴。当时，英国天主教徒和新教徒之间的信仰斗争十分激烈，当玛丽成为国王以后，两姐妹的宗教信仰冲突遂立刻显现出来。
爱德华在位时，他继承了亨利八世的意志，巩固了英国国教的地位，这种情况下，信仰国教的伊丽莎白的地位还算比较稳定。但是，1553年，爱德华去世。此后，大权在握的诺森伯兰公爵以玛丽信仰天主教会危害新教为由，将简·格雷夫人扶上王位，不料此举却遭到举国上下强烈的反对。简·格雷只做了9天女王就被推翻了，随即被上台的玛丽处死。
由于上一代的原因，玛丽从一开始就极其憎恨安妮·博林和她的女儿伊丽莎白。但是，安妮·博林死后，她与伊丽莎白的关系有所改善，只是伊丽莎白的宗教信仰始终是玛丽的心头之患。玛丽上台之后，首先试图恢复天主教在英国的统治，但是，她所面对的是一个宗教改革已经进行了20年的国度，真正信仰天主教的人已经很少。与之相对，英国国教徒则形成了一股相当强大的既得利益集团，宗教问题已经不仅仅是单纯的信仰问题了。在英国宗教改革中，亨利八世没收了罗马天主教会大量的土地和财产，并且进行了拍卖，这样，许多贵族、乡绅、商人和自耕农都加入了土地购买者的行列。玛丽恢复天主教的努力，将直接对这些人的家庭、生活以及财富造成极大的危害，因此其改革遭到了大批贵族的反对。
除了宗教信仰问题，玛丽的婚姻也引起了英国国民的强烈不满。在当时的英国，虽然没有法律规定女子不能继承王位，但却有一些法学家专门做出论证，认定女人不能继承英国王位。持这些论调的人认为：女人称王的后果是十分严重的，因为她必然要结婚——或者与国内的人，或者与国外的人。与国内的人结婚，就会引发派系之争;与国外的人结婚，则会引起别国对英国内政的干涉。正是因为这个原因，亨利八世才那么执着地想要一个儿子。玛丽成为英国女王之后，此前反对女子称王的人士认为他们的担心似乎正在变成现实。
