1879年3月,日本政府对琉球下达“废藩置县”令,曰:“琉球藩旧服王化,实赖复育之德;今乃恃恩挟嫌,不恭使命,是盖舟程远隔,见闻有限所致。朕一视同仁,不深谴既往之罪。兹废该藩,移置尚泰东京府下,赐以第宅。且以尚健、尚弼置于华族之列,俱置籍东京府,着所司奉行。”由此,日本将琉球王尚泰抓到东京软禁,琉球群岛也被日本鹿儿岛县与新设置的冲绳县一分为二:北部数岛并入鹿儿岛县,余下诸岛则成立新的冲绳县。对于清廷的强烈抗议,日本充耳不闻。
作为琉球的宗主国,清廷始终不承认日本吞并琉球的事实,并向日本进行了多次交涉和抗议。由于琉球问题一直悬而未决,后李鸿章邀请来华旅行的美国前总统格兰特设法调解。在压力之下,日方提出将琉球群岛三分,北部归属日本,南部即宫古、石桓、八重山群岛在内的先岛群岛(当时已为日本控制)归中国,中间的琉球主岛仍划为日本之冲绳。更为居心叵测的是,日本在这份《拟稿》中加上了一个附加条件,即日本也要像英美等国一样,取得“最惠国待遇”。
当时中俄因伊犁问题也在展开谈判,其间危机四伏。由于担心日本与俄国勾结起来,李鸿章主张对日本的《拟稿》采取拖延战术,等待中俄谈判结果的明朗化。日方急于骗取中国的“最惠国待遇”,多次催问签约事宜,但最终因中俄在伊犁问题上达成妥协,总理衙门拒绝在日方拟就的《拟稿》上签字,日本公使宍户玑最后只好悻悻离京而去,以示决裂。琉球群岛主权归属一案也就此搁置,最终未能了结。