有一点必须指明的是，征伐台湾的并非是日本政府，而是违抗政府命令的西乡从道，其行为只能算地方军阀所为。在中方的强大压力下，加上日军在台湾感染时疫，西乡从道不得不自行撤退，征台之举完全失败。
可惜的是，在此事件之后的谈判中，清廷在此犯下重大错误，那就是在1874年的《中日北京专条》(又称《台湾事件专约》)上，写有台湾生番“将日本国属民等妄加杀害”;“日本国此次所办，原为‘保民义举’，中国不指以为不是”等语，从而造成了一种外交事实，即凸现了琉球与日本的特殊关系、日本有权保护琉球之后果。不仅如此，清廷还为日本此次出兵赔付了白银50万两，作为抚恤银和日军在台湾修路及营房的费用。
清廷在这次事件中的妥协，主要原因还在于当时缺乏可供出洋作战的战舰，而这也成为中国近代海军之发轫。从那一年开始，李鸿章便开始从英国、德国购买或者建造军舰，以期扞卫辽阔海疆。
打造一支近代海军，非一朝一夕所能成功，而日本抓住时机，加快了吞并琉球的进程，这就是所谓的“琉球处分”。1875年，日本权臣大久保利通以替琉球讨伐生番的名义，将琉球三司官池城安规等召至东京，要求他们停止向清廷朝贡，不再接受清廷的册封，撤销在福州的琉球馆、今后琉球的外交事务统由日本外务省负责等。琉球三司官以害怕冒犯中国的理由拒绝了大久保利通的提议，要求仍按传统习惯行事。
