元朝末年，琉球群岛形成北山、中山和南山3个独立王国。洪武五年，明太祖派杨戴出使琉球，分别册封了这三国国王，琉球也由此成为明朝的藩国。数年后，中山国统一南北两岛，中山王也就被明朝正式册封为琉球王，这种藩属关系一直保持到清朝。
琉球与明清的藩属关系，其间也出现过一定的波折，那就是日本的介入。明朝中后期，日本丰臣秀吉北侵朝鲜时，曾派诸侯岛津氏派兵三千征伐琉球，在俘虏了国王尚宁后，又令其向日本萨摩藩输送钱财粮食，以供军饷之需。直到50多年后，琉球王才摆脱了萨摩藩的控制，随后又主动遣使到中国，请求大清皇帝册封。当时的顺治皇帝应允其要求，将琉球王册封为尚质王，规定两年进贡一次。
在地理位置上，琉球与日本也颇有关系，除了明末萨摩藩曾攻伐过琉球一段时间外，后的日本也常假借琉球与中国交通。明清时期，琉球也与日本发展贸易，萨摩藩一度将之视为属下，由于古代航运条件的限制，清廷也未予过问，而日本也未做进一步要求。因此，这种“两属关系”，维持了很长一段时间。
中日因琉球问题发生冲突，是近代以后的事。1871年，琉球所属的宫古岛、八重山岛渔民因风暴而漂流至台湾南部，后有54人被生番(即台湾原住民)所杀，剩下的12人死里逃生，回到琉球，史称“牡丹社事件”。事后，日本向清廷提出抗议，称琉球属民被台湾人所害，而总理衙门却以“台湾生番之地，置于化外，政教未逮”加以敷衍，日本人由此抓住把柄并在次年出兵征伐台湾。
当时的中国官员缺乏最基本的国际法概念，日本人很好的利用这点。事实上，琉球乃是中国的藩属国，琉球渔民被台湾原住民所杀，此乃本国内政，日本岂有干涉之理?即便琉球是“两属之国”，日本也无权独霸其管辖权。再者，即使中国官员称琉球渔民被杀系台湾生番，其所谓“化外”，也不过称其未经儒家教化，并非是搁置不理，又岂能成为代琉球出兵的理由?日本之强蛮无理，由此可见一斑。
