与国军不同，日军常集中优势兵力，纵深部署，“亘全战役期间，敌之实力在全面计算虽劣于我军，但在重点方面，均居优势，且对长（沙）、浏（阳）、衡（阳）三要点之攻略，概以绝对优势之兵力，纵深部署，施行攻击”，最终将国军逐一击破。
三 指挥与协调
战时国军指挥系统是，重庆军事委员会设统帅部，指挥各战区司令长官；军委会委员长为最高统帅，参谋总长、副参谋总长襄助委员长处理该会一切职务，下设军令、军政、军训、政治和后勤等部，分掌作战指导、兵员征募、军队训练、政治教育、后方勤务等职能。战区之下，其层级依次为集团军、军、师、团等。抗战初期，曾于战区之下、集团军之上设兵团；集团军之下、军之上设军团；师之下、团之上设旅。但一年多后分别被简化。
按照军事指挥系统，身为委员长的蒋介石只要将指令下达给战区司令长官即可，但蒋素有越级指挥的习惯。一些大的战役，蒋必亲自遥控指挥，通过电报、电话，频频传布命令到前方，不仅越级指挥集团军和军，甚至直接指令到团、营一级。1944年6月12日军令部长徐永昌在日记中发牢骚说：“委员长每好亲拟电，亲笔信，或亲自电话，细碎指示，往往一团一营如何位置等，均为详及。各司令长官或部队长既不敢违背，亦乐于奉行，致责任有所诿谢，结果，所至战事愈不堪问矣。因委员长之要求，即本部指导者，实亦有过于干涉之嫌。”
由于蒋介石事无巨细均要亲自过问，部队长官不敢自作主张，或为了卸责，遇事均请示执行，导致前方将领欠缺自主作战意识和机动应变能力。1944年5月6日徐永昌日记载，当日军事委员会“会报不及两小时，蔚文（引者注：侍从室主任林蔚）转达第一战区电话至四五次，闻有时一团之活动，战区亦请示委员长，此非丛脞而何！”徐永昌身为军令部长，深感蒋介石“权责集于一身，余等欲少分其劳而不可得，以是往往于横的方面不能多所裨助，转觉国事有举轻若重之嫌，深用惶叹！”
张治中1939~1940年间曾任侍从室主任。他对蒋介石的高度集权深有体会：“蒋对军队的统率，向来采集权于一身的办法，养成习惯已久，所以部队将领就有一种反映：部队接到蒋委员长电报，先看电尾是那一个机关主办的，如‘中正手启’是要特别注意的，如是‘中正侍参’（引者注：侍从室主办的）也还重视，但如是其他部门主办的电报，就要看情形来决定遵行的程度了。所以军令部、军政部甚至后方勤务部，有时为求命令有效，也要用‘中正手启’名义发电。这种个人集权、机构无权的特殊现象，坏处甚多，决难持久……我认为这是以后军事失败种种原因之一。”
蒋介石集事权于一身，却又经常埋怨手下无人负责办事。军令部副部长刘斐私下与徐永昌议论时，即认为这种状况“实由委员长自己造成，将领骄不受命，必委员长手令才有几分几的效率；派出人员必侍从参谋。此全系不运用组织，自毁机构能力”。
中央军嫡系将领固然骄不受命，地方非嫡系部队长官或因待遇不平，或出于保存实力的考虑，抗不遵命者常有之。长沙失陷后，蒋介石曾电令薛岳将第九战区主力布守湘江以西，以拱卫西南大后方。薛岳拒不从命，声称必须固守湘东南，不让日军打通粤汉路与通往香港之海道。而据徐永昌等人揣测，“薛伯陵（引者注：薛岳）不欲至铁道以西，其心叵测，盖一旦有事，渠颇有划疆自保之意。”
另据徐永昌日记，军政部长何应钦感慨部队整理之难，即如近在重庆之九十七军军长指挥不动其师长，言下唏嘘不置。
此次湖南会战，除第九战区外，还从第三、第六战区抽调兵力。由于参战系统不一，容易出现多头指挥。除蒋介石越级指挥外，侍从室主任林蔚也常以蒋的名义发号施令。薛岳作为第九战区司令长官在其防区内自有调兵遣将之权。李玉堂等集团军主官也可名正言顺地指挥其下属。衡阳会战期间，蒋介石指派军委会副总参谋长白崇禧前往桂林，协调指挥衡阳一带战事。白崇禧在战略方针上本与军令部长徐永昌意见不一，薛岳的作战意图亦与白崇禧不同。在这种不统一、也不专一的多头指挥之下，难免前后矛盾，左右失调，令作战部队无所适从。以第六十二军为例，该军属余汉谋第七战区建制。长沙告急后，蒋介石电令余汉谋调第六十二军担任衡阳外围作战任务，归第二十七集团军副总司令李玉堂指挥。据该军军长黄涛晚年回忆，该军在衡阳参战期间，重庆军事委员会侍从室主任林蔚常以蒋介石的命令直接指挥；薛岳也以第九战区司令长官名义来指挥；李玉堂又以第二十七集团军副总司令名义来指挥。第六十二军处于多头指挥而又命令不一的情况下，只好以军事委员会蒋介石的命令为行动依据，直接与侍从室主任林蔚密切联系；有时故意藉蒋介石的命令去抵制第九战区司令长官薛岳的调遣，薛岳亦无可奈何。
