湖南会战自1944年5月26日开始，至6月18日长沙失守，第一阶段湘北的战役告一段落。
再说重庆军令部直至6月10日，亦即长沙失守一周前，才拟出作战指导计划，并经蒋介石批准。在这个作战指导计划中，军令部拟定的作战方针是：以巩固重庆、昆明，确保抗战基地及国际交通为目的，进行战略持久战，控制有力兵团于六盘山、秦岭、巴山、鄂西、湘西、桂东、滇南各要隘，严防“敌奸”之侵入，见机再转攻势。从这一作战方针看，军令部主要担心日军西进，威胁重庆陪都和西南国际交通。
6月4日王世杰日记称：“一般推测，以为敌军企图攻占衡阳、桂林，俾免该地成为盟军空军根据地。”王世杰在此前后曾担任国民党中央宣传部长（1939年11月~1942年12月；1944年11月~1945年8月）。可见当时社会舆论对日军的战略意图已有相当准确的推测。从徐永昌日记可知，军令部内对敌情的判断存有分歧。如军令部第一厅认为，中战场敌人将会师衡阳，并窥伺桂林。而军令部长徐永昌则持有不同看法。据他的推断，中战场敌人进至渌口（株洲以南）或即停止，即使窜据衡阳，亦绝不至西入桂林。“敌人完全无深入企图，不过一意打击吾人反攻力量”，坚持认为日军没有打通粤汉、湘桂路的意图。
6月18日，亦即长沙失守之当日，军事委员会举行最高幕僚会议，军令部副部长刘斐认为敌人必乘势进攻衡阳，并可能入桂林。徐永昌仍以为“敌兵力不足，尚不至企图入桂”。而军令部所属的“作战研究会”则得出结论曰：“此次湘北敌军蠢动，以目前情报判断，其企图似在打通粤汉交通，求击破我野战军，仍为守势作战，但根据前述倭既有从事决战准备之余裕时间及兵力，则仍有增加兵力来华之可能，敌能否进一步攻战西安、昆明及重庆等重要据点，企图乘机解决我国战场，实不能不深加警惕。”可见军令部内对敌情的判断甚不统一。
据徐永昌称，蒋介石对他的敌情判断将信将疑，但对他所提努力打击日军的主张则表示同意。长沙失守后，白崇禧主张放弃在长沙、衡阳之间拼命抵抗，将防守衡阳的兵力调往桂林，着手桂林防卫战。徐永昌则主张，下一阶段仍要在长沙、衡阳正面作持久抵抗，两翼则相机与日军展开决战，以消耗日军，打击其侥幸心理。徐永昌的意见被蒋介石采纳。
自6月下旬至9月初是湖南会战的第二阶段。日军总结第一阶段的战果称：“自开始作战以来，第11军虽力图歼灭第九战区军的主力，但敌军大部回避与我决战，尤其是敌军退避到了东面山岳地带，如不将其歼灭，对第二期作战向桂林、柳州方面进攻，则很难保证不留有后患。”为此，日军的战略构想是：为了下一阶段攻取桂林、柳州，要在这一阶段的作战中尽量歼灭中国军队，为此，设法引诱中国军队采取攻势。
衡阳地处粤汉与湘桂铁路交会处，是进入桂、黔、川、滇四省的门户；湘江连接长沙与衡阳，是南北交通之要道。日军估计进攻衡阳时，中国军队将会全力展开攻击。为此，日军计划在攻取衡阳的同时，以主力搜索围歼对日军侧攻和前来增援的国军，重点击溃湘东山区的中国第九战区主力。
国军在第二阶段的战略是：中间防堵，两翼夹击，置主力于湘江之东西两翼，实施正面阻止，侧背猛攻，战略上与前一阶段没有大异。在此期间，国军只以1个军用于衡阳防守，而东西两翼则先后投入了约13个军以上的兵力。
6月20日，蒋介石电令各兵团以阻敌深入、确保衡阳为目的，从东西两翼夹击日军。具体的战略部署是：中央以一部于渌口、衡山地区持久抵抗，东翼主力由醴陵、浏阳向西，西翼主力由宁乡、益阳向东，夹击深入之敌而歼灭之。
但日军迅速突破中国军队的阻击，6月23日即兵临衡阳附近。日军在兵力布置上，以2个师团进攻衡阳，以3个师团进攻湘东地区，以1个师团进攻湘江以西。6月25日，重庆军委会电令方先觉的第十军死守衡阳。6月26日，第九战区拟具于衡阳与日军决战计划，并向衡阳周围调集兵力。同日，蒋介石指派副参谋总长白崇禧前往桂林，协调指挥衡阳一带战事。
7月1日，蒋介石主持军事会报，获悉广东之敌已向清远与从化方向分路进犯。蒋认为日军“打通粤汉路之计，已不可遏阻矣！今日惟一要图，为如何能固守衡阳，增强湘桂路兵力，以确保桂林空军基地，如能粉碎其犯湘桂路之企图，则此次作战当不失为成功也。”
这个时期，蒋介石一再电令各兵团依照“正面阻止，侧背猛攻”的战略攻击进犯之日军。第二阶段军委会下达的一系列指令均是执行这一战略，要求前方各军向当面之敌发起猛攻，或向敌人侧背发起猛攻，试图打消和狙击日军的战略企图。
