有一个细节说明朱由检是个非常小心的人，进宫之前他就知道哥哥要传位给自己，自己当天很可能不能回家，因此，在来的时候，他就在袖子里藏了一些点心，就是生怕有人在膳食里给自己下毒。可见，当时他对任何人都不敢轻易相信。
好不容易挨到天亮，朱由检听得殿外又喧哗了起来，正惊疑之间，殿门大开，一帮大臣簇拥着当时德望最高的英国公张望贤进来。见到他后，大家一起拜倒大呼万岁，到了此时，朱由检的心才彻底踏实下来。公元1627年8月，朱由检在故宫“中极殿”登基，是为崇祯皇帝。
与历代皇帝不同的是，崇祯皇帝没有举行登基大典，他还拒绝百官按照常例的朝贺，即位后马上召开正式朝会，显示出一种扭转乾坤的气魄。
魏忠贤在朱由检即位后，就上书辞职，但朱由检没有批准，只是把所谓的“奉圣夫人”客氏轰出了紫禁城，然后把她安排到宫外的一处住宅监视起来。
由于朱由检直接过问政务，因此，魏忠贤的许多罪行开始逐一暴露出来。对魏忠贤来说，这些事情在他以往看来根本就不算什么大事，但换了一个皇帝则都成为让他惶惶不可终日的罪证。一有弹劾他的奏折出现，他就忙不停地请罪辞职，但是几次下来，朱由检都明确表示他是先皇帝的“顾命元臣”，自己对他的罪行可以不加追究，这就让魏忠贤的心里越来越没有底，不知道自己究竟会得到什么结果。
偏偏这时候两个不知深浅的江西官员又上书，请朝廷拨银子给魏忠贤在江西建造供奉活人的“生祠”。这在天启年间，当然是向魏忠贤献媚的好手段，但他们不知道京城里早已经物是人非，魏忠贤本人巴不得各地快把已经建成的“魏千岁生祠”全部拆毁以消除自己忤逆的罪名，这两位倒恰到好处地给他又添上一个“勾结外官”的罪名，这让魏忠贤难免有“天亡我也”的感慨。魏忠贤在朱由检给他制造的强大的心理压力下，最终崩溃了，他早一次朝见朱由检的时候放声痛哭，希望新皇帝看在他多年服侍天启皇帝的情分，允许他去安徽凤阳看守朱家的祖陵。
