日本政府和军队，对于受他们侵占60余年的冲绳百姓素来防范，很担心他们“非我族类”，临阵倒戈。因此，冲绳日军展开了针对冲绳百姓的残暴行径：首先剿灭冲绳人中的反日分子，其次利用冲绳人去挡美军炮火，一旦岛屿守不住，则直接对冲绳人进行灭绝性的屠杀。日本著名作家大江健三郎就指出，早在战役之初，牛岛满就曾下令“为了不妨碍部队行动和保障军粮，民众需要英勇自决”。
日军派遣特务，收买内奸，对冲绳人血腥迫害，到处搜捕“间谍”。冲绳当地人仅仅因为不说日语而说冲绳本地语，就会被抓走处死，仅此一项即杀害了上千人。日军在冲绳岛上征集了大批青壮年当兵，又强迫数万名冲绳男女到日本军队里“助战”。这些冲绳人，大部分都死在了美军的炮火及溃败后的自杀狂潮中。美日双方在岛上残酷拉锯的几个月里，对冲绳百姓是噩梦般的日子。从天而降的美军炮火固然是夺命杀手，背后据守的日本军队更是吃人恶魔。日军掠夺冲绳人的粮食、药品，导致至少二万人因为饥饿和疾病去世。他们大批杀死冲绳婴儿，因为“婴儿的哭声可能暴露山洞的位置”。
当地化为一片焦土
有时候，日军直接把冲绳妇孺从藏身的洞窟中驱赶出去，以便霸占这些洞窟作为自己的掩体。而被赶出去的妇孺，多半沦为了双方枪炮下的冤魂。在有的地方，日军还驱赶大批老百姓向进攻的美军冲锋，用无辜平民来挡子弹，以至于美军拿下多处阵地时，发现最前面的尸首都是些老弱病幼。
进入6月下旬，日军败局已定时，魔鬼露出了最后的疯狂。他们叫嚣着“全岛玉碎”，要所有的冲绳人一起自杀。这其中，有的冲绳人听信日本官方的宣传，说一旦落到美军手里，将会死得惨不忍睹，为了逃避这可怕的命运，干脆自己先死了。但大多数老百姓将信将疑。于是日军加紧催逼他们“上路”。这些狂热的军国主义分子，给有的冲绳人发了手榴弹，逼他们拉线自杀；有的冲绳人被他们逼着集体服毒，或者亲族间相互用刀斧砍杀；还有的被逼得集体跳崖。至于那些最“顽固”不肯自杀的，日本军队也不惮于亲自动手，用枪弹和刺刀把他们直接屠杀。甚至直到美军占领全岛，少数零星的漏网之鱼还在到处残杀幸存的冲绳居民。
不绝于耳的琉球独立声音
到底有多少冲绳民众遇害？日本官方曾说是“接近10万”，但实际上，战役前有40多万人口的冲绳岛，在战后幸存者不到20万。单只确认了姓名的死难者就有15万以上，另有约10万人“失踪”。因此，总计有20万以上的冲绳人遇难。他们中一部分死在美军炮火下（包括被日军驱使送死）或死于饥饿疾病，一部分被日军教唆、逼迫自杀乃至直接屠杀。这些，都应该归于日本军国主义的血债。在冲绳县博物馆内，至今仍有一件雕塑作品形象地描绘当年日军士兵恶狠狠地用刺刀逼着7个冲绳人自杀的情形。雕塑上面还刻着“日本士兵屠杀平民，强迫他们杀死对方，然后自杀”的字样。
