2014年6月，波音报告了2.72亿(一说4.25亿)美元的额外开支，这是用于布线重新设计问题的。波音767像很多民航飞机一样，有大量的机内走线，其中一部分是电力电线，更多的是信号电线。民航飞机有很严格的安全要求，电线的布线很讲究。70年代道格拉斯DC-10接二连三坠毁，最后查明，部分原因在于电线集中布置在机舱地板下。虽然这样布置很经济，占用有效空间最少，但一旦由于任何原因地板坍塌，就会切断所有电线，造成失控坠毁。这以后，所有布线都从机舱顶棚里走，避免地板坍塌导致失控的问题。但军用有另外的要求，尤其是抗战损要求。美国空军规定，有些系统的电线需要双重甚至三重冗余。不仅如此，还要求电线之间有足够的物理间距，确保不至于因为战损而一损俱损。另外，军机对于屏蔽有较高要求。这是双向的，屏蔽不仅确保本机电子系统相容性，也是对电磁攻击(包括核大战条件)的基本防护。这是民航飞机没有的要求。
波音按说对民航和军航的差别很熟悉了。且不说从麦道那里接收过来的C-17运输机，波音研发的KC-767就是按照军标研制的。但出于尚不清楚的原因，波音犯了很低级的错误，全然没有意识到电线间距的要求，至少有5-10%的电线间距不符合美国空军的要求，或者是屏蔽达不到要求。布线不像隐身涂料那样高大上，但机体内空间有限，不是什么地方都可以走线的，也不是什么地方都可以提供有效屏蔽，如何在安全、可靠而又有足够间隔的条件下走线、提供屏蔽，并不简单。波音767基本型有大约70英里(约113公里)的布线，波音767-2C再增加50英里(约80.5公里)的布线，工作量可观。2014年9月，波音证实，布线重新设计将推迟首飞，从2014年6月推迟到11月，最后在12月28日实现首飞，从西雅图北郊的佩恩机场飞到南郊的波音机场，当然途中还做了基本的适航性检查，历时3.5小时。波音本来计划在2014年完成400小时的试飞，结果这3.5小时成了2014年的全部试飞。如果不是死活赶在年底之前首飞，可能就一点试飞时间都没有了。这还是波音767-2C的标准，还未装上加油系统和军用电子系统，不是全规格的KC-46首飞。
2015年7月，波音宣布，另外拨款8.35亿，用于纠正综合燃油系统的设计错误。在测试中发现，综合燃油系统的分配总管不符合设计要求，在受压耐久性测试中出现裂纹和泄漏，要重新设计。虽说不影响短期使用，但寿命大大低于设计寿命，不能交付。综合燃油系统是原有机上燃油系统的扩充，整体管理本机使用的燃油与可供向其他飞机输送的燃油。除了加油系统(KC-46有美国空军标准的硬式和美国海军标准的软式两种系统)外，这是加油机的核心系统了，也是波音自诩的传统强项。综合燃油系统是最后装上飞机的，要改动设计，牵涉面也最大。波音已经增调人手，甚至从民航机部门抽调燃油管线部门的人员，加速设计修改、新零部件的制造、改装和认证过程。波音已经在制造4架试飞飞机和2架早期生产型飞机，这些飞机统统要按照新的综合燃油系统改装。
