八月三日，廓军攻占定日、济咙。八月十六日，廓军攻陷萨迦，同日，保泰送年仅十岁的七世班禅额尔德尼前往拉萨，命仲巴呼图克图留守札什伦布寺。札什伦布寺济仲喇嘛罗布藏丹巴与群僧占卜，得到“不可与贼作战”的神示。仲巴呼图克图遂遣人赴廓营求和。然而该使者半路逃走，于是寺内外喇嘛三千余人纷纷溃散。
仲巴呼图克图也携金银及班禅所余贵重物件，装为二百三十三捆，先行逃出。二十一日，廓军队长（Captain，清人译作“噶布党”）玛木萨野攻入札什伦布寺，寺内仅余九人。玛木萨野即入住班禅额尔德尼禅房内，大小头目分据各处，将金银佛像、供器、贮藏及灵塔镶嵌之珍珠珊瑚宝石等物尽行掠去。册封六世班禅的金册也被盗走。九月初，廓军进攻日喀则宗城，都司徐南鹏率八十人坚守，击毙廓军十余人、头目一人。围攻八昼夜后，廓军仍不能破城，遂携所略财宝退往边境。乾隆皇帝判定廓尔喀此次犯边，志在劫掠后藏财物；此时冬雪迫近，廓军必不能进兵前藏。一俟朝廷调集大军进讨，廓军便可从容遁去。因此，乾隆皇帝决定大举出兵，待来年春雪消融后攻入廓尔喀腹地，令其彻底臣服，不敢复萌故志。因鄂辉等人资望尚浅，九月二十五日，皇帝召平定台湾林爽文之乱的两广总督福康安来京。
乾隆皇帝画像
十月，福康安抵京，授将军衔，督办西藏军事。以平台之役中福康安的副手海兰察、台斐英阿等为参赞大臣，率黑龙江索伦、达呼尔兵丁千名，由青海入藏征讨廓尔喀。十二月，成德在聂拉木拍甲岭一役战胜廓军。
乾隆五十七年（1792年）正月，成德收复聂拉木东官寨，阵斩廓军将领呢玛叭噶嘶、踏巴。二月，川军攻克聂拉木的廓军西北碉寨，俘获玛木萨野之侄咱玛达阿尔曾萨野，聂拉木全境收复。二月八日至十日，四川总督惠龄、参赞大臣海兰察陆续抵达拉萨。
当年作战时使用过的刀具
十七日，福康安等领兵一千余人由拉萨启程，经朗噶（今浪卡子县）、江孜，二十七日抵达日喀则，查看札什伦布寺劫余情形。三月十五日，乾隆皇帝加升福康安为大将军，令各军皆受其节制。闰四月十八日，福康安、海兰察、惠龄由日喀则驰往江孜督运军粮。二十七日抵达定日之第哩朗古，与成德会合。福康安、海兰察等分头察看聂拉木、绒辖等地后，率主力前往宗喀，决定由济咙向南攻入廓尔喀。
五月六日，福康安、海兰察领兵行至宗喀以南的辖布基，进攻擦木山隘（在今吉隆县宗喀镇南）。是日夜，清军乘雨分兵五路，海兰察居中，哲森保等由东西两山夹击廓军营寨，莫尔根保绕到营后偷袭。初七日黎明之时，清兵攻克擦木山梁上的两座廓军石碉楼，斩杀二百余人。初八日，清军进至玛噶尔辖尔甲，击溃由济咙前来迎战的廓军。初十日，清兵攻克济咙，斩杀六百四十余人，俘虏二百余人。至此西藏全境收复。
