T-50的发动机进度也落后于要求，现用的117型发动机是AL-31的大改，目标发动机为30型。
“第二阶段”的称谓原先是用于装用30型发动机的T-50的，但现在30型发动机要2016年才开始组装，2017年才能开始试验，而这是在理想情况下。T-50的研发经历表明，理想情况常常过于理想。现实地说，第一批生产型T-50可能得继续使用117型发动机，而不是全状态的30型发动机。
另一个问题是软件。即使T-50没有F-35的先进后勤信息系统那样庞杂的软件环境，T-50的5天线雷达系统在物理上提供了前所未有的宽广的监视范围，也提出了前所未有的数据处理和信息整合方面的挑战。众多天线的覆盖范围互有重叠，还有光电系统，如何在不同信息源之间融合、整理、展示出统一的、便于解读和作出反应的战场态势图像，这是一个重大的软件挑战。
除了这些技术挑战之外，俄罗斯还面临重大的政治和经济挑战。在政治上，经过叶利钦时代不切实际的浪漫之后，俄罗斯不仅意识到核心利益与西方的差异，而且痛切体会到核心利益遭到西方随意践踏的苦楚。俄罗斯与西方渐行渐远，安全环境日益严峻，而苏联时代的老本已经吃得差不多了，这也是俄罗斯空军急于在T-50还没有就绪的时候先用苏-35S和苏-30SM填补空隙的原因，但T-50才是最终的选择。
但在经济上，苏联时代积存的结构问题没有解决，对石油、天然气出口的过度依赖则在新的政治经济形势下举步维艰。传统的对欧洲的天然气出口市场受到乌克兰和克里米亚问题的严重干扰，石油出口则受到油价历史性低位的沉重打击，西方制裁更是雪上加霜，迫使卢布狂贬。普京多次允诺要用巨资重振俄罗斯军力，但口惠而实不至。这并非他言而无信，而是囊中羞涩的原因。在重金打造暂时用不上的强大军力和经济困难时贴补民生、安抚民心的需求之间，轻重不难权衡。T-50即使克服了所有技术问题，批量生产依然不会一帆风顺。
T-50还有一个有趣的问题，T-50是苏霍伊设计局的内部代号。在T-50已经试飞多年、正式确认将要列装的现在，依然没有俄罗斯空军的正式命名，这是一个奇怪的现象。苏-27的苏霍伊内部代号是T-10，在研制进行到相当于现在T-50的阶段时，已经获得苏-27的正式命名了。至少在现在，得到俄罗斯空军正式命名的最新战斗机依然是基本设计已经有30多年历史的苏-35S。不过据传，T-50终于成功地进行过导弹发射试验了，毕竟是进了一大步。
