二战后到越南战争结束前，佐世保是美国海军在远东极为倚重的军事基地，越战后，美军缩小了佐世保海军基地的规模，基本上将其作为弹药基地使用，不再是海军舰艇的母港。也正是这一时期，美国归还了港区内的一些设施给日本，日本海上自卫队才有了一些生存空间。
上世纪80年代后，美军战略发生转变，认为佐世保靠近印度洋和南中国海，地处海参崴至金兰湾海上交通线的中间位置，基地在燃油、弹药贮藏等方面的设施也要比横须贺完备得多。因而恢复了基地司令部，大批海军部队又重新部署在此地。
佐世保基地是美国海军第七舰队第11两栖舰艇战队和第7扫雷战队的母港
目前佐世保基地是美国海军第七舰队下辖的第11两栖舰艇战队和第7扫雷战队的母港，同时也是美国在海外唯一可常年部署两栖舰艇部队的基地。这些两栖舰以佐世保为出发基地，活动于整个西太平洋地区。
美国海军在佐世保基地的主要兵力有第11两栖战队下辖的“好人理查德”号两栖攻击舰、“丹佛”号两栖船坞运输舰、“托图加”号船坞登陆舰、“日耳曼城”号船坞登陆舰；第7扫雷舰战队下辖的“复仇者”号扫雷舰、“防卫者”号扫雷舰、“战士”号扫雷舰、“爱国者”号扫雷舰、“守卫”号救援船等。
佐世保基地内海军舰艇
佐世保海军基地是美军西太重要的后勤储备基地，仅美军司令部所在地平濑一带的油库码头的占地面积约为60万平方米，如果包括贮油设施和弹药库占地面积达400万平方米。贮油设施主要是能贮油540万桶的赤崎油库，其余还有庵崎、横濑两座油库。弹药贮藏地主要的也是两处，前烟和针尾弹药库。
佐世保也是日本海上自卫队的主要基地之一，第2护卫队群驻扎于此，被日本媒体认为是部署在与韩国、中国接壤海域的精锐部队。第2护卫队群别称“训练的2群”，训练频率高。另外兵员中九州出身的人较多，生活环境相对稳定，士气较高。
第2护卫队群下辖第2护卫队、第6护卫队和地方队的第13护卫队。主要在编舰艇有“鞍马”号直升机驱逐舰、“足柄”号驱逐舰、“春雨”号驱逐舰、“天雾”号驱逐舰、“雾岛”号驱逐舰、“高波”号驱逐舰、“大波”号驱逐舰、“照月”号驱逐舰、“朝雪”号驱逐舰、“泽雾”号护卫舰等。
