明代司法机构分为中央三法司和地方司。三法司为刑部、大理寺和都察院。刑部是国家最高审判机关，有点像现在的最高法院;大理寺掌复核，也有部分最高法院的功能;都察院是监察机关。
厂卫之酷烈，于成化朝的汪直、正德朝的刘瑾、天启朝的魏忠贤三个时期最甚，又以魏忠贤时期最为黑暗和漫长。
天启年间，魏忠贤以司礼秉笔太监兼掌东厂，是实际上独裁最高权力的“九千岁”。其时秘密警察多如牛虱，不论百姓或官员，莫不置于严密监视之下。有平民与朋友在密室喝酒，大骂魏忠贤，立被东厂番役捕去，凌迟处死。当然，厂卫监控更多的还是官员、士人中的持不同政见者，而且一人犯忌，亲朋好友皆受株连，随时有送命可能。魏大中被逮，有司不通知其家属所系何地，大中的儿子只能偷偷跑到京师，想刺探父亲的消息，还得“变姓名匿旅舍，昼伏夜出。”杨涟被捕下狱，他的一个朋友苏继欧，已经削籍回乡，且为人低调隐忍，本不至于招杀身之祸，但为同里阉党恐吓，竟自己上吊而死。周顺昌被下诏狱，朱祖文进京访周的朋友，战战兢兢如新娶之妇，和人接洽，只在萧寺古庙之中，信件常折成指头大小，藏于鞋袜，或糊之壁间。秘密警察的恐怖，将有良心而未附阉党的知识分子个个逼成潜伏的“余则成”。
魏忠贤的秘密警察统治，可谓网罗森严，为达到“未雨绸缪”、“一网打尽”的目的，他和厂卫中人拟了不少黑名单，以防范、监视名单中人，随时将之构陷、逮捕、刑讯、处罚。
当时最著名的黑名单，是魏忠贤的干将王绍徽拟进的《东林点将录》和崔呈秀的《同志录》，此外魏应嘉、邵辅忠、卢承钦、岳和声、阮大铖等人也都拟有名单。后来魏的刽子手许显纯逮人，就以上述名单为基础，钱谦益回忆说，“显纯操刀，每出片纸，姓名累累如保牒。”
在魏忠贤掌权时期，大狱屡兴，前后诛杀朝臣名士不下百人(《先拨志始》记：每死一公，许显纯就剔其喉骨，以小盒封盛，交给魏忠贤以示信)，无辜平民则以千计，基本上都是依靠厂卫之秘密警察系统。其狱之酷，《明史》诸传及明末野史有详尽记述，太过残忍，暂不征引。只摘方苞记史可法狱中见左光斗之《左忠毅公逸事》一段，可见一斑：“左公……席地倚墙而坐，面额焦烂不可辨，左膝以下筋骨尽脱矣。史前跪抱公膝而呜咽。公辨其声，而目不可开，乃奋臂以指拨眦，目光如炬……(史可法)后常流涕述其事以语人，曰：“吾师肺肝，皆铁石所铸造也‘。”
