039(宋、元)常规潜艇使用带挡板纵缝流水孔，而没有采用我国核潜艇上使用的阻力系数更低的纵缝流水孔，也有着具体战术任务要求与经济性层面的考虑。传统的纵缝流水孔(如我国091、093攻击核潜艇上使用的纵缝流水孔)要在艇首至艇尾的外壳体薄板上，进行连续几十米的开口，开口处的强度保障就比较麻烦。同时，大长度纵缝流水孔在核潜艇水下高速航行时，容易出现流体激励薄壳体板和空腔部位，形成低频噪音的现象，造成严重的流体噪音。为了避免出现这类情况，在纵缝流水孔内需要有众多的内挡板或者支骨加强开口处的强度，抑制薄壳体板在高速水流冲击下压力脉动导致的壳体板谐振现象。
上图为091型攻击核潜艇405号，纵缝流水孔中的内挡板和支骨清晰可见，下图为403号艇。
这就造成大长度的纵缝流水孔建造工序多，工艺要求高，建造成本高，经济性差的特点。但考虑到核动力潜艇战术任务航速高，对快速性要求较为严厉，使用阻力系数低的传统纵缝流水孔是必须的，所以国产核潜艇选择了传统纵缝流水孔。而且对于装备数量较少，作战性能要求较高的核潜艇，也不能用经济性和成本角度去考虑这类问题。
实际上039上采用的带挡板流水孔也是纵缝流水孔的一种，只是因为纵缝中起到加强流水孔开口处薄壳体板强度作用的挡板的存在，让这类流水孔看着和035型上采用的立式开口流水孔比较相似。但带挡板纵缝流水孔的阻力系数要比老式潜艇上散乱的立式开口流水孔要好。
常规潜艇则不同，由于柴电动力系统的限制，常规艇水下持续航行时间短航速慢，战术航速要求低，快速性要求也较为宽裕。使用工艺复杂且成本高的纵缝流水孔效费比不好。更何况使用纵缝流水孔降低的摩擦阻力，也不足以让039的航速得到显著提升。从简化工艺、降低成本的实用角度出发，039选择工艺简单的带挡板纵缝流水孔是合理的。
039(宋)上使用的挡板纵缝流水孔，虽然有阻力系数高的问题(由于挡板的存在打断了流体的均匀性，加剧了流水孔内外流体的交换强度，增加了艇体边界层的厚度，提高了潜艇的粘压阻力，对潜艇的快速性不利。)但对于水下战术航速要求不高的常规潜艇影响并不大。而挡板流水孔通过在纵缝开口中，增加竖立挡板的方式，用简单的工艺较低的建造成本，就解决了双壳艇薄壳体板上连续开口的工艺问题，成本低经济性好，对于大量建造的常规潜艇是适用的。毕竟039型设计时期还是上世纪的80年代中期，当时国内的经济环境比较困难，国防费用相当拮据，装备研发过程中成本控制也是设计中需要兼顾的。
