中日业已宣战，日本在华使馆人员下旗回国是情理之中的事。8月1日当天，日本驻天津领事荒川已次、日本驻华武官神尾光臣，以及许多日本侨民登上了即将起航的重庆号。没想到，船还没开，一队中国士兵便杀将上来。
士兵们砸开每一间舱房的门，逐一进行搜查。此时也在重庆号上的法国驻华使馆武官裴理博上尉闻声走出船舱。当他向为首的军官亮出自己的身份后，这名军官客气地说：“噢，我们不想打扰法国人和英国人，我们是为日本人而来。”后来，裴理博在给法国领事卡恩的信中称，许多日本人被中国士兵拖出船舱，捆住手脚，扔到栈桥上。重庆号的船长休斯事后回忆，这些日本人在码头上被绑了两个小时。凌晨4时，另一名中国军官来了，检查了一番后下令松绑，把这些日本人带到了码头旁边的一个煤棚里。随后，中国军官向他开列了一张日本乘客的个人行李单，让船员将这些行李集中到前舱。又过了一个小时，被押走的日本人被全部放了回来。
天一亮，船长休斯就向英国驻天津总领事宝士德报告了此事。当晚，宝士德紧急约见李鸿章，通报了发生在重庆号上的事。不过，宝士德发现李鸿章“显得十分疲倦”，似乎对他说的事情不太感兴趣。
听完事情经过后，李鸿章淡淡地说：“噢，登船的不是军人，他们是一群无赖，为高升号事件所激，听说船上有日本人，便进行了攻击。”李鸿章说，中国方面已经开始展开调查了。宝士德见李鸿章并不怎么重视，便强调说，那些乘客相信在英国国旗下能得到保护，却被中国人拖下船去，中国最好能就此事给予英国一个书面道歉。
不提英国国旗的保护还好，一提这个，李鸿章的气儿就不打一处来。几天前，李鸿章正是看重所谓英国国旗的保护，才花钱雇了英国轮船高升号，送中国士兵去朝鲜。考虑到英国国旗的威力，他甚至都没有派中国军舰护航。没想到，日本人不管三七二十一，居然把高升号打沉了。高升号事件之后，李鸿章认为日本人打沉了英国船，英国人绝不会答应。
没想到日本人早就买通了英国媒体。英国媒体竟称，中日双方虽然还没有宣战，但实际已经处在战争状态，日本军舰击沉了运兵船高升号，也是情理之中的事情。英国政府则希望利用日本与中国的战火，阻挡北边俄国对中国扩张，从而保住自己的在华利益。因此，对于日本人打沉高升号一事，他们并不想深究。
同样是英国轮船，高升号被日本人击沉，死了几百号中国人，英国不闻不问；而“中国士兵”上重庆号抓了几个日本人，英国人却暴跳如雷。厚此薄彼，竟至如此。送宝士德出门时，李鸿章特意点了他一句：“此事与高升一案不同，高升事件是日本军官侮辱英国国旗，同时有日本统帅在场。此事则仅是一小撮无赖瞒过衙门登船滋事。”
但事发时在场的法国人裴理博并不相信李鸿章的解释，他认为上船滋事的根本不是什么“无赖”，而是正牌的中国军人。而且他还点名道姓地称，为首的军官是高升号上获救清军军官徐仁和。不过经调查，中国官方一一驳斥了裴理博的指控。当晚徐仁和一直都在指挥炮手们进行夜间涨潮时的射击训练。裴理博说重庆号事件的指挥官头佩白色顶珠，而徐仁和佩戴的是蓝色顶珠。况且当晚下雨，黑灯瞎火之下，裴理博难免会认错人。既然不是徐仁和，那么带队上船的军官到底是谁呢？两年后，这个无头公案还真让清政府给破了。为首的男子名叫贾长瑞，果非清军军官。
