巴山号上舱运送到上海的货清卸完毕，发往日本的货物已经露了出来，但此时，江海关税务司、英国人贺璧理（Alfred Edward Hippisley）却另生枝节，声称因该船离开纽约时中日尚未宣战，如有军火，货单上应该不会隐瞒，所以只要查验货单就可以。
刘麟祥对此决不同意，双方发生激烈争执，英国公使也在北京向总理衙门施加巨大压力。在中国衙门之间扯皮之际，10月26日，巴山号在没有进行必要搜查的情况下，被大清海关中的英国籍洋干部们放行，离开上海开往日本。巴山号走后，英国驻上海领事馆随即要求中国对“违例扣留”之事进行赔偿。刘麟祥据理力争，英国外交官胡搅蛮缠，甚至说那些在台湾就已被查获的手枪“专作玩具”。
清军炮舰
英国政府将此事提交给了伦敦的皇家法院，法院认为，虽然巴山号携带了违禁品，但因为“该船系被带往一不合理地偏离该船航线的港口，而且既没有起诉也没有打算到任何捕获法庭起诉便被扣留，没有经过任何审判程序”，所以，“英国政府可有整顿理由支持船主一方提出一合理的赔偿要求”。英国随后正式向中国提出了5000英镑的索赔要求。
署理台湾巡抚唐景崧激愤地质问英国人：“若谓仅弹枪三箱，所值无多，何以指为军火？试问枪与弹不算军火，何物谓之军火？既可少载，岂不可以多载？当日南琛在洋面即见巴山军火，确凿有据，焉能不带至基隆听候查验？该船既无违禁之件，何以先不进口？何以一经查至下舱，即封闭不服查验？所称延误，乃其自取……此案考之公法，中国既有应查之权，即无违例之处，更无认偿之理也。”
清军水兵
刘麟祥则更一针见血指出：“历来中外交涉，领事本以偏袒为能事，以期见好于商人。故遇事必多方辩难，迨知理屈，又以护前不肯自休。”他认为对此事应“设法因应，从容理论”。
当时中日甲午战争正在关键时刻，中国需要英国的支持。总理衙门经过多方权衡，只能违心地接受了英国方面的勒索，赔款了事。巴山号事件中，南洋舰队在面对英国商船时毫不手软。而从台湾、上海到北京，中国各级官员们都表现出了寸土必争的信念，最后虽然出于大局不得不妥协，但这也给更大范围内的外交折冲提供了回旋余地和讨价还价的砝码，南琛舰也因此在外交史上留下了强悍的一页。
