出兵朝鲜后，丰臣秀吉坐镇名护屋为统帅，宇喜多秀家担任前线总指挥，黑田长政、小西行长和加藤清正兵分三路进击，并迅速攻占朝鲜京城和大片国土，但由于其海战能力弱，被朝鲜将领李舜臣通过两次海战（韩国上映的鸣梁海战），歼灭了日军精锐部队，致使日本陆军的北进受到牵制。
明朝政府派遣的援军李如松部近5万人与朝鲜军队配合，相继收复朝鲜重要失地，日军退缩，丰臣秀吉提出议和，第一次战争暂告结束。
大明援军
由于丰臣秀吉无法满足于当时明朝中国在华夷体系内预留给日本的地位，此后两年多的明日和谈最终失败。
1597年1月，日军再次进攻，黑田长政在稷山被明朝军队击败，海军也被李舜臣在鸣梁海面重创，明朝援军继续入朝，进击加藤清正和小西行长部队。1598年8月18日丰臣秀吉忧郁而死，日本撤军，到12月全部撤出朝鲜，第二次侵朝彻底失败。
另一位日本封建领主德川家康也了取代丰臣秀吉的势力，建立统一的日本户幕府。这次侵略战争的失败，使日本又意识到与中国作战的时机不成熟，于是江户幕府马上又采取对中国表面上睦邻友好的政策，直到明治维新后。
