此时的光绪早已吓得魂飞魄散，他战栗答道：“是我自己糊涂，洋人逼迫太急，我只想保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法。”慈禧太后听后厉声道：“难道祖宗之法不如西法，鬼子反重于祖宗吗?康有为叛逆，图谋于我，你不知道吗?还敢回护他!”
可怜光绪当时早已是魂飞齿震，脑子一片空白，竟不知所对。慈禧太后又厉声追问道：“你知道还是不知道?或者你也是同谋?”光绪皇帝战栗了半天，说：“知道。”慈禧太后喝道：“既知道，还不将康有为正法，反要放走?”由此，慈禧太后不费吹灰之力，便将维新变法消灭于无形当中。
以往人们都盛传是戊戌政变的发生是袁世凯告密所导致，看来，袁世凯其实是当了多年的冤大头。正如前面梁启超的描述，“袁世凯告密说”大都认为谭嗣同至法华寺游说袁世凯勤王后，袁世凯佯作答允，等到他回了天津后，便立刻向直隶总督荣禄告密，于是荣禄紧急报告慈禧太后，这才有了政变的发生。为此，当时社会上就流传着一首三言歌谣，讽刺袁世凯的出卖行径：“六君子，头颅送;袁项城，顶子红;卖同党，邀奇功;康与梁，在梦中;不知他，是枭雄。”
不过，袁世凯背上告密的千古骂名，其实是冤枉的，这又从何说起呢?据房德邻等学者的考证，“袁世凯告密说”在时间上是不成立的。从时间上来看，假定袁世凯初五回天津向荣禄告密，荣禄初五日夜派人或亲自赴京告变，按照当时城门关闭的制度，根本就来不及。而且，慈禧太后在初六日发布垂帘诏，只下令拿办康有为兄弟，而对于罪行更大的谭嗣同却并没有提及，这说明慈禧太后当时并未接到天津方面的密报。不然，无论如何也不会放过谭嗣同的。
当然，大多数学者也认为，戊戌政变虽然并非因袁世凯告密而发生，但袁世凯的告密却大大加剧了政变的激烈程度。事实上，袁世凯在得到政变消息后，为了保全自己，慌忙向荣禄和盘托出了谭嗣同的密谋。慈禧太后在得知维新派想谋杀她之后，恼怒至极，“雌”性大发，使得原本和平的训政转变成为一场流血的政变。
由此，慈禧太后随即发出密谕，将“张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第均着先行革职，交步军统领衙门，拿解刑部治罪。”接着，整肃行动进一步扩大化，诸多维新人士或如宋伯鲁、徐致靖等被革职监禁、或如陈宝箴、熊希龄等革职永不叙用、或如徐致靖等被定罪流放，光绪皇帝和珍妃身边的太监也倒了大霉，被杖毙四人，另枷号十人，就连光绪也被软禁在灜台。
最为惨烈的，当然是被杀的“戊戌六君子”。在这些人当中，康有为的弟弟康广仁恐怕是最冤枉的。他是六君子中惟一没做官，也不是维新派的风云人物，他完全是死于杨崇伊密告康氏兄弟“出入宫禁”的谣言。据说，康广仁被杀前在狱中以头撞墙，悲痛呼号，其状惨不忍睹!
六君子中，谭嗣同是给人印象最深的。在政变发生后，谭嗣同是有机会脱逃的，他完全可以像梁启超一样避居日本使馆，但谭嗣同坚辞不受，掷地有声：“不有行者，无以图将来;不有死者，无以酬圣主”，“各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此之所以不昌者也;有之，请自嗣同始!”
好汉子铁骨铮铮，谭嗣同真不愧为一个真正血性的殉道爱国者。
随后，谭嗣同便在浏阳会馆“莽苍苍斋”静待捕者。被捕后，谭嗣同在狱中写下这样一首诗：“望门投宿思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。” 四天后，六君子未经审判、也未定具体罪名，就在菜市口刑场被杀。临被杀前，谭嗣同叫监斩官刚毅过来，说“我有一言要对你说!”刚毅扭过头，不予理睬。谭嗣同朝着刚毅的背影，大呼“有心杀贼，无力回天;死得其所，快哉快哉!”
就义之日，观者万人空巷。六君子引颈就戮时，风雨如晦，可众多的阿Q们怀里揣着的，却是蘸血的馒头。
此时的北京，在谭嗣同等人被杀后，守旧势力纷纷弹冠相庆。令人讽刺的是，这些颟顸污秽的既得利益者在为最后的垂死挣扎而欢呼的时候，那些对国家民族前途真正忧心如焚的青年志士却喋血街头。谁也没有料到，戊戌变法是以这样的结果而告终。
六君子既死，各新党维新派或逃匿、或监禁、或流放，一时败落;而原本和维新派同气相应的洋务派开明官僚们如李鸿章、张之洞、刘坤一等，也只得缄口自保或者干脆靠边站，神州上下，万马齐喑，唯有那些老朽昏庸的守旧大臣拊掌称快。这些人在慈禧太后的庇护下，掌握了大清帝国的内政外交，视新事务为仇敌，这也是整个晚清最为黑暗的时期。正是在这些人的统治下，导致了最为荒谬的庚子之乱和八国联军之祸。
