就在这一年的九月，光绪皇帝在没有请示慈禧太后的情况下，便下令将阻挠礼部主事王照上书的礼部尚书怀塔布、许应骙等六人全部革职，第二天又破格提拔谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭四人，让他们以四品卿衔担任军机章京，参与新政事宜。这件事，立刻触发了保守派最为敏感的神经，也为变法失败埋下了伏笔。数日后，光绪前往颐和园向慈禧太后请示开懋勤殿时，立刻被慈禧太后劈头盖脸的痛骂了一顿。下午光绪皇帝回宫后，慈禧太后便接到御史杨崇伊(就是李鸿章的亲家，弹劾强学会的主)的一封密折，向慈禧太后控告了帝党文廷式和康有为兄弟的种种“不法行为”，并攻击光绪“两月以来，变更成法，斥逐老成，藉口言路之开，以位置党羽”。不仅如此，杨崇伊还捏造说，光绪将聘请日本退役首相依藤博文做顾问，“伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”最后，杨崇伊吁请老佛爷即刻训政，“救官民于水火之中”。
不得不说，杨崇伊的笔头子是厉害，他这密折不长，但处处打中要害。折中所说的文廷式是珍妃和瑾妃的老师，也是维新派的干将，一向为慈禧太后所痛恨;杨崇伊捏造康有为兄弟随意出入宫禁，这让慈禧太后火冒三丈，而聘请伊藤博文的传闻更是让她大为不安，于是慈禧太后便于次日从颐和园提前回到宫中，意在监视光绪接见伊藤博文。
光绪被慈禧太后痛骂一顿后也是心中羞愤，随后便召见杨锐并赐以一道衣带密诏，说“近来仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变。朕欲痛切降旨，将旧法尽变，尽黜此辈昏庸之人，可朕之权力实有未足。果使如此，则朕位且不保，何况其他?今朕问汝，可有何良策，俾旧法可以全变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进通达英勇之人，令其议政，使中国转危为安，化弱为强，而又不致有拂圣意。尔其与林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志等妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思，再行办理。朕实不胜紧急翘盼之至。”
说来可笑，光绪这个皇帝都觉得自身难保，那他的那些维新派、那些书生能有什么好办法呢?据说杨锐等人接到密诏后，大家围在一起，一筹莫展，唯有痛哭流涕。几个书生左思右想，终于明白还是枪杆子里出政权，没有军队，说什么都白搭。大家想来想去，终于想到了一个人，这就是袁世凯。
当时的袁世凯，看来是个新派人物。1895年当康有为上书无门的时候，袁世凯曾主动帮忙请求自己的上司荣禄代递，虽未成功，但也足见其态度诚恳。后来维新派成立强学会，袁世凯也捐了一大笔钱，并被列为发起人之一。后来，袁世凯还经常和维新派人士严复等一起谈论新政，并通过亲信徐世昌到北京与维新派康有为、梁启超等人不断接触，以示对变法的关注。
这样一来，维新派也把袁世凯引为己方，并建议光绪皇帝加以笼络。就在政变爆发前，光绪还连续两次接见袁世凯并特赏其为侍郎。眼看形势紧迫，谭嗣同便自告奋勇去说服袁世凯举兵勤王，发动政变。
梁启超在《谭嗣同传》里曾绘声绘色的记述了这样一个广为流传的故事，说戊戌年八月初三的深夜，谭嗣同径自造访了袁世凯的住地。两人见面后，谭嗣同便开门见山的问：“天津阅兵的阴谋(守旧派利用阅兵废黩光绪皇帝)，你可知道?”袁世凯笑而不答。谭嗣同拿出密诏，说：“如今可以救皇上的只有你一人了，你愿意救就救!”
趁袁世凯在看密诏，谭嗣同手抚自己的脖子道：“如果你不愿意的话，现在到颐和园报告慈禧太后，你也可以升官发财了。”袁世凯听后厉声道：“你把我袁某当作什么人了，圣主是我们共戴之主，我与足下同受非常知遇大恩，救护之责，岂是你一人!你有什么计划，愿闻其详。”谭嗣同听到大喜道：“荣禄密谋在天津阅兵的时候废黩皇上，足下及董福祥、聂士成三军，都受荣禄的节制。到时如果政变，足下以一军敌彼二军，保护圣主，恢复大权，清君侧，肃宫廷，将是不世之业。”
袁世凯有点为难，说：“要是皇上在阅兵的时候疾驰入我部队的话，到时传号令诛灭奸贼，我必定跟随诸君子之后，竭死相救。”谭嗣同还不放心，问道：“荣禄对你向来信赖宽厚，你到时怎么对待他呢?”袁世凯又笑而不答。
这时，袁世凯的一个谋士插嘴说：“荣贼对待袁帅并非真心诚意。以前某公想增加袁帅兵力，荣禄说：‘汉人未可假大兵权。’他向来不过是笼络罢了。”谭嗣同道：“荣禄确有曹操、王莽之才，绝世之雄，对付他恐怕不容易。”袁世凯怒目道：“若皇上阅兵时在我的大营，杀荣禄不过就象杀一条狗罢了。”两人商议妥当后，谭嗣同才告别袁世凯，消失在茫茫夜色之中。
可惜的是，还没等到维新派采取进一步的行动，风暴就已经爆发了。就在光绪接见伊藤博文的第二天，慈禧太后便宣布训政，收回光绪皇帝的权力，并下旨捉拿康有为兄弟。
时人苏继武在《戊戌朝变纪闻》里描述这样一番场景：是日，慈禧太后御临便殿，设竹杖于座前，并召集了庆王、端王、军机等御前大臣跪于案右;光绪皇帝则跪于案左。随之，慈禧太后便疾声厉色的呵斥光绪：“天下乃是祖宗的天下，你何敢任意妄为!这些大臣，都是我多年历选，留以辅佐你的，你竟敢任意不用!还敢听信叛逆蛊惑之言，变乱朝纲!康有为是个什么东西，能胜于我选用之人?康有为之法，能胜于祖宗所立之法?你难道昏头了，不肖竟至于此!”
骂完光绪，慈禧太后又转头责骂那些大臣说：“皇帝年少无知，你们这些人为何不加以劝阻，以为我真不管，听他亡国败家吗?我早就知道他不足以承大业，不过时事艰难，不宜轻举妄动，只得对他留心稽察管束。现在我人虽然在颐和园，但心时时在朝中。我惟恐有奸人蛊惑，所以经常嘱咐你们不可因他不肖，便不肯尽心国事;所幸我现在身体还好，到时必不负你们。早些时候奕劻还再三跟我说，皇上既肯励精图治，谓我也可省心，我因想外臣不知其详，并有不学无术之人，反以为我把持，不许他放手办事，今天总算知道这样是不行的。他是我立的皇帝，他要亡国，其罪在我，我能不问吗?你们不力诤，便是你们的罪过!”
群臣听后如捣蒜般的叩头，连称有罪。这时，军机大臣刚毅面有喜色，上奏道：“微臣屡次苦谏，但每次都被谴斥，其余众臣，也有言谏过的，也有不吭声的。”慈禧太后听后，又转身问光绪：“如有臣下变乱祖法，你可知道该当何罪?你想想，是祖宗之法重要，还是康有为之法重要，背悖祖宗而行康法，你何以昏愦至此?”
