反舰弹道导弹在研发与制造中的最大难点在于末端制导系统。在相同的制导水平和干扰条件下，2马赫的超音速反舰导弹的末端制导时间比0.8马赫的亚音速导弹要少60%左右。而反舰弹道导弹对末端制导系统要求更高。
当再入大气层时，由于受到巨大的空气阻力，弹头速度会迅速减小，因而过载较大，可达数十个重力加速度。导弹的末制导系统属于高度精密传感器，它能不能承受过大的过载是一个难题。有专家指出，让反舰弹道导弹的制导系统适应数十个重力加速度的工作环境是一项艰巨的任务，或许也是不可能完成的工作。
美国某网站2009年1月刊登的一篇名为《超视距雷达与反舰弹道导弹》的文章称：反舰弹道导弹系统打击航母的第一步便是侦察卫星用雷达确认目标并不间断地提供发射反舰弹道导弹的方位数据。
海上的航母一直处在运动之中，反舰弹道导弹在进行射击诸元装定时，只能将瞄准点选在航母活动范围内的某一确定点上。待导弹到达目标区域上空后，再依赖导弹自带的末制导系统寻找目标。
导弹的末制导导引头的探测距离一般为20～60公里。反舰弹道导弹能否将弹头送到距航母60公里以内甚至更近的区域，成为攻击航母的关键。
以SS-NX-13为例，假设导弹飞行速度4马赫，那么导弹抵达1100公里最大射程处的时间约13分钟;再假设航母以30节的速度航行，在这段时间内的航行距离为13公里左右。
相比反舰弹道导弹的飞行速度，航母的这段航行距离几乎可以忽略不计。理论上只要侦察系统一发现目标就立刻发射导弹，那么导弹就完全有可能击中航母。
可现实并非如此。毕竟从侦察卫星发现目标到反舰弹道导弹发射需要时间，这些时间加起来比导弹从发射到飞抵目标区的时间要长得多。
同时，要将弹头送到距航母有效末端制导范围内，反舰弹道导弹必须具有中段弹道修正能力，并根据航母的运动情况，调整飞行弹道，使弹头更靠近攻击目标。为了实现此目标，SS-NX-13在研制过程中采用了全程惯性制导，在末段飞行时使用雷达导引头对目标进行自动寻的。
