1949年底，卢汉在云南起义，假借召开会议将余程万、李弥等扣押，余程万将26军改编为第13军向卢汉投诚。后来，在第8军和第26军的军事压力下，卢汉释放了李弥和余程万。当时台湾方面已下令解除余程万26军军长职务。之后，余程万和汤尧、李弥乘搭空军总司令王叔铭驾驶的总统专机“美龄号”，由海南三亚机场飞往台湾。
跟蒋介石会谈后，余程万意识到不再被信任。蒋介石疑其意志不坚，“其实当时他是左右为难，投共怕被囚，归蒋则恐其疑，最后就选择辗转去到当时的英国属地香港。”旷文清说：“本想在香港呆一段时间就回大陆，结果一直没能回去。”余程万在香港新界乡间办了个农场种菜养鸡，交由旷文清打理，隐居安度晚年。
1955年8月27日深夜，三个匪徒进入到余程万屏山寓所。二夫人和佣人全被捆缚。余程万刚巧乘坐司机驾驶的私家车回家，亦为匪徒所擒。住在邻屋阁楼的表弟甄铭钰，悄悄从后门跑到二里外的警署报警，警察到后与劫匪发生枪战，一生经历无数枪林弹雨的余程万在黑暗中被乱枪打死。劫匪一人被击毙，两人逃脱。
警方公布说，余程万是被盗匪打死的。但据旷文清后来检查遗体，发现其胸腹被一排子弹打中。他判断是冲锋枪或轻机枪所为，当时劫匪没有这种装备。将军百战身名裂，晚年竟这般被迫了此残生，凄惶无比。其元配邝琼华移居美国，育有二子二女，二夫人吴冰育有一子二女，其中女儿余华芳是上世纪70年代香港著名艳星，艺名余莎莉。余程万去世后，他们家道中落，只能温饱度日。
