F-117的单座座舱装有麦克唐纳·道格拉斯公司的ACESII零-零弹射座椅。座舱玻璃分成五块，一块为整块风挡。所有玻璃均镀金以散射雷达波，铰接座舱盖向后上方打开。F-117装有GEC公司的四余度电传操纵系统，由机头的四个全方位空速管获得数据，与F-16的电传操纵系统相类似。这四个空速管是机身上极少数破坏隐身的外露设备之一。机上采用了爱理德·西格诺公司的环境控制系统、辅助动力系统和应急动力系统。
F-117没有装火控雷达，主要靠位于风挡玻璃下面的双视场前视红外传感器进行探测和火控瞄准。该传感器窗口保形布置，覆盖有细小格栅，起到电磁屏蔽的作用，从而使得窗口与机体表面形成一个相对于电磁波而言平整的整体，降低了RCS。可收放的下视红外和激光指示仪位于前机身下前起落架舱右侧，上述红外探测器均由得克萨斯仪表公司研制。座舱内装有基于凯撒公司AN/AVQ-28的平显，大屏幕前视红外下视显示器，其两侧有两个多功能阴极射线管。机身下面主起落架舱前的机身骨架上有可收放无线电天线。其他系统包括霍尼韦尔公司的雷达高度表、惯导、大气数据计算机和多功能显示系统，IBM公司的AP-102任务计算机;GEC公司的飞控计算机/导航接口和自动驾驶计算机(NIAC)系统;扩展数据传输系统和高度/方向参考系统;数字式活动地图等。在第三阶段的改进中，F-117将装备多功能显示器、得克萨斯仪表公司的红外捕捉与指示系统(IRADS)、环形激光陀螺惯导系统和GPS等，还计划携带TARPS侦察吊舱。值得注意的是F-117的机背表面装有伸缩式角反射器，在和平时期进出机场或特殊情况下伸出，增大雷达反射面积，以便指挥或航空管制人员用雷达可探测到这种隐身飞机。F-117虽然是先进的隐身战斗轰炸机，但并不是非常彻底的革新设计。例如为降低成本和研制风险，早期的F-117A上采用了大量现有设备，如飞控计算机是F-16A/B的，导航系统源自B-52的，发动机来自F/A-18的，起落架为F-15的。但后来洛克西德在美空军的要求下，逐步提高F-117的性能。第一阶段的工作始于1984年，用IBM公司的AP-102取代了台尔柯公司的M362F计算机，第二阶段的改进工作对座舱进行了改进，并加装了霍尼韦尔公司的多功能显示器、三维飞控管理系统和活动地图等。第三阶段的改进工作于1992年试飞，机上安装了新的红外捕获与指示系统(IRADS)、霍尼韦尔公司的环形激光陀螺惯导系统和柯林斯公司的GPS系统。海湾战争后，F-117A深受美国空军的青睐。之后由于隐身攻击机A-12计划的取消，B-2的大量削减，美军对F-117A更加倚重。
