F-104B 是 A 型的双座教练型，发动机与 A 型相同。增加了尾翼面积，去掉了机炮，保留了 4 个外挂架，可挂 2 枚“响尾蛇”空对空导弹。火力控制系统是 AN/ASG-14T1。1957年1月26日首飞，共生产了 26 架。图为台湾清泉岗基地的F-104B及作战人员。
F-104C 是战斗轰炸型，装备加力推力为 7,165 千克的J79-GE-7 发动机(军用推力 4,540 千克)，具有有限全天候性能力。1958 的 9月开始交付，1959年6月交付完毕，共生产 77 架。装备了第 479 战术战斗机联队的 4 个中队。这型飞机装备1门固定式的 20 毫米 M61“火神”6 管炮，有 5 个外挂架。装备有 AN/ASG-14T2 火力控制系统。No.56-938 以前的F-104飞机装备扰协光环计算瞄准具。部分F-104C(No.57-910 以后)飞机的光学瞄准具去掉了光学测距装置，因而光环大小不再改变，其直径为 50 mil。在火控计算中使用雷达测量的目标距离。1965～1967年期间，一部分F-104C 被派往越南参战。1967年第 497 联队换装成F-4 战斗机，F-104C 退出现役后配署给国民警卫队的第198 战术战斗机中队，1975年从国民警卫队退役。
