在“柏林危机”期间，上述 3 个中队于1961年11月～1962年8月先后被动员重新进入现役，并在欧州展开，第 151 和第197 中队部署在前西德，第 153 中队部署在西班牙。紧张局势缓和后，3 个中队的飞机再次配署给防空空军(ADC)，分别划归第 319 和第 331 两个截击机中队。在1962年10月“古巴危机”时再次担负了战斗警戒任务。F-104A 截击机的最后退役时间是1969年12月(第319中队解散)，前后总共服役 12年。退役后的F-104A 飞机中，1 架改成 CF-104的原型机，3 架被改成超高空飞行训练用的 NF-104A，24 架(含部分 YF-104A)被改成无人靶机，10 架买给了巴基斯坦空军，25 架买给了我国台湾省，16 架买给了约旦。
