但是双壳体结构潜艇在这方面的弊端却是非常突出的。因为在同等吨位下大储浮的双壳艇，其耐压艇体容积要比小储浮的单壳艇耐压艇体容积小的多。所以，双壳艇的耐压艇体容积占排水量的比重较小，没有单壳体艇的理想。以我国采用的传统小分舱大储备浮力的双壳体潜艇为例，储备浮力一般达到30%，水下全排水量要比水上正常排水量高出近40%左右。个别战略核潜艇因为上层建筑空间大，这一比例甚至还要更高。举个实际的例子，假设我某型攻击核潜艇水上排水量与美国的688型洛杉矶级都为6000吨，那么单壳体的洛杉矶级在水下排水量大约是6927-7177吨左右。而我国采用双壳体设计后，其水下全排体积将达到惊人的8400吨之巨。这显然与我潜艇部队需要兼顾南北海域作战环境，尽可能提高耐压艇体容积在整艇排水量中的比重，并控制整艇水下满排吨位的作战需求是背道而驰的。
从这张东海海底地形图可以发现，在突入冲绳海槽前我潜艇航渡的区域位于东海大陆架上，该海域深度浅海底地形平坦，适合敌方航空、水面反潜作战，对航渡中的我潜艇威胁很大。吨位过大暴露率高的潜艇显然是不适合装备我海军潜艇部队的。
对于要从青岛、大连、舟山等地西出黄海、东海作战的我潜艇部队来说，双壳体艇的水下全排体积过大，对隐蔽航渡是十分不利的。为了照顾东海和北海舰队潜艇部队的作战需求，据必须控制国产潜艇的水下全排体积。但降低水下全排水量后，势必将连带着减少宝贵的耐压艇体容积。而随着耐压艇体容积的减少，潜艇的武备携带量、人员生活空间、设备布置空间都要受到较大的影响，这将显著降低我国潜艇的火力打击密度和持续作战能力，这当然也是与我海军作战需求所相悖的。
日本的苍龙级AIP潜艇，从人员与艇体比例分析，该级艇的排水量相当大，如果日本依然在该级潜艇上采用双壳体结构，该级艇水下吨位恐怕还要更为庞大，这显然对该级艇提高水下快速性与隐蔽性都是不利的。因而日本果断的放弃了双壳体结构，转而走单壳体为主的混合壳体结构路线。
