事发后，蒋经国表现出了惊人的冷静和镇定，他立即下令逮捕“情报局长”汪希苓、“副局长”胡仪敏、“第三处副处长”陈虎门，要求“彻查此案”。1985年1月13日，由“中央社”发布消息，承认“情报局”官员介入“江南命案”。舆论的风头也一时由之改变，由谴责蒋经国，改为要求他彻查此案，惩办凶手。
最终，蒋孝武还是难逃干系，在这次风波中彻底失去了政治生命。当社会舆论发现并没有证据蒋经国和江南被杀有直接关联的时候，蒋孝武受到了更强烈的谴责。无奈之下，蒋经国只得流放蒋孝武到新加坡任“商务代表”，从此淡出政坛。同时，江南案也彻底摧毁蒋经国长期以来对情报机关及秘密行动的信念。不久，蒋经国对情治系统作了一次更大的改革，情报部门只从事情报搜集、分析及反情报工作，不搞秘密行动。并下令以后在台湾要逮捕重要的反对派人士及查封刊物，一定检具事实，由他亲自批可。
1986年9月初，蒋经国表示将要解除实行38年的解严令，并开放党禁，开放报禁。9月28日，“民进党”在台北“圆山饭店”成立，情治部门负责人迅速向蒋经国呈上了一份抓人名单，不过，蒋经国没有批准，他说：“使用权力容易，难就难在晓得什么时候不去用它。” 这个时候，他已经决定放开手脚，让民主发展起来。
蒋经国与妻子、孩子
据马英九在纪念蒋经国逝世十五周年的文章中回忆：“当年（1987年）的12月25日，经国先生坐着轮椅出席在台北中山堂举行的行宪纪念日大会，当时民进党籍‘国大’代表在台下高举白布条抗议、鼓噪，经国先生不以为意，先向代表们简短致意，然后由‘国大’何宜武秘书长在喧哗声中宣读‘总统’讲词，重申民主改革的决心。经国先生离开会场前，特别转头深深看了看鼓噪的人群一眼。当时经国先生的表情和现场情境，让英九留下永难忘怀的印象。”
蒋家王朝的终结
蒋经国尽管曾经把民主化当成台湾改革的四大理念之首，不过，他还是希望培养自己的次子蒋孝武为接班人，“江南案”打破了他的部署，据说，此后他一见蒋孝武就会摔东西，大骂他是“蠢货”——正是江南案终结了蒋经国传位于子的美梦。一些小道消息说，蒋经国也曾经考虑过让弟弟接替自己位置，不过，当蒋纬国了解到哥哥的意向后，只是沉痛地说，“晚了，什么班底都没有，怎么接？”
