年幼的皇后自然丝毫不知道父亲和祖父的这些阴谋。直到元凤元年（公元前80年）事发，燕王刘旦和长公主自杀，上官一家也被族灭时，事情才又找到这个受摆布的小皇后头上，幸亏皇后年幼，刚刚9岁，又是大将军霍光的外孙女，才得以幸免未废。
父亲及祖父死后，这个小皇后又成了外祖父霍光的工具。霍光一心想让外孙女擅宠有子，可是这时候小皇后年仅十三四岁，昭帝也不过20岁，是很难怀孕的。御医们明白大将军的心思，声称昭帝身体欠安，严禁与妃嫔同房，宫人们都被命穿上缝制严密的内衣内裤。让昭帝只能与上官皇后一人同寝。尽管如此，上官皇后还是未能怀孕生子。元平元年（公元前74年）汉昭帝病死在未央宫中，年仅21岁。昌邑王贺被选继位，15岁的上官皇后被尊为皇太后。没过几天，霍光又说昌邑王淫乱，又用太后名义将他废掉，改立武帝末年巫蛊之祸中兵败自杀的太子之孙刘询为新皇帝，这便是汉宣帝。宣帝继位后，15岁的上官皇太后自然又成了太皇太后了。
