1944年秋，蒋介石与史迪威的矛盾激化。罗斯福决定调回史迪威将军，改派魏德迈来华接替他任美军中国战区参谋长。史迪威离华后，马歇尔等人开始考虑改组在亚洲的航空队，拟将所有驻缅甸和印度的空军调往中国，由驻华的空军司令部统一指挥第10和第14航空队。陈纳德坚决反对，然而他没有得到华盛顿的支持，也没得到蒋介石的支持。
1945年7月6日，陈纳德提出辞呈，魏德迈等立即批准。1945年8月1日，陈纳德带着失意离开中国回国。蒋介石和宋美龄设宴为他送行，并授予他国民党最高荣誉—青天白日大蓝绶带。 1942年7月以来，陈纳德率领的航空队摧毁了2600架敌机，击沉和击伤敌大量商船和44艘军舰，己方损失500架飞机。
“飞虎队”成员
1945年12月，陈纳德重返中国。1946年10月成立了民航空运队，为行政院善后救急总署运送救急物资。1948年后，蒋介石军队在内战中节节失利，陈纳德的民航空运队又帮助蒋介石空运军队、给养。由于立场的不同，为了能够完成蒋介石给他的任务，这段时间的飞行，也给中国人民造成了很大伤害。
“陈纳德将军之墓”是阿灵顿公墓中唯一的中文文字
1958年7月，美国国会通过了艾森豪威尔要求晋升他为空军中将的法案。7月27日，陈纳德因病在华盛顿去世。
美国国防部以最隆重的军礼将其安葬于华盛顿阿灵顿军人公墓。墓碑正面是英文墓志铭；背面是用中文写的“陈纳德将军之墓”，这是阿灵顿公墓中唯一的中文文字。
