然而，冰冻三尺非一日之寒，珍宝岛之战的起因，就缘于中苏边境领土的长期纠纷。
20世纪60年代以前，尽管中苏双方对于边界部分地段的归属存在分歧，在中苏边境地区也发生过一些冲突，但由于两国之间的友好关系和政府的克制，冲突没有扩大。中苏关系恶化后，冲突不仅越来越多，程度也越来越加剧。当时中国虽然在政治上“反修”，却不希望因边界问题进一步恶化中苏国家关系。在中国倡议下，从1964年2月至8月，中苏两国在北京举行了多次边界谈判。
谈判中，双方在界河岛屿归属问题上出现严重分歧。根据《中俄北京条约》，中俄边界东段以黑龙江和乌苏里江为界，界河中的岛屿归属在条约中并未规定。按照国际通行的规则，界河中的岛屿归属应以主航道中心线为准。在《中俄北京条约》的附图中，俄国人曾在一张比例尺小于1：100万的地图上粗略地画了一条分界线，看来贴近中国江岸，其实，这张地图非常粗糙，连江心岛几乎都没有标出，图上的红线并不表明边界线在江中的位置。可是苏联代表却根据这条红线，在其提出的地图中竟把主航道中心线中国一侧的面积约1000平方公里的600多个岛屿划归已有。
在双方争执不下的情况下，赫鲁晓夫指使苏方代表提出一项不分是非的岛屿交换方案，即这里加上一块地方，那里减去一块地方，加加减减，至于争议地区，就干脆把它一分为二。但是对于中国方面当时坚持的原则问题，即承认过去的《中俄北京条约》是不平等条约，苏联方面坚决不肯让步，认为这无异于承认自己是在享受过去的侵略成果。由于双方在边界问题上的立场对立，谈判无果而终。
谈判破裂后，苏联领导人在内部提出所谓中国想“夺回”过去失去的领土，并以此为理由向中苏边界增兵、重新把军队开进蒙古人民共和国。至1964年赫鲁晓夫下台时为止，苏联在其本土的亚洲部分和蒙古境内共驻扎兵力70万人，把军事矛头公然对准中国。
在苏联解体之后，中国同俄罗斯就边界问题进行了长时间的谈判，最终使珍宝岛的主权争端问题得到圆满解决。如今，珍宝岛属于中国领土已经是不争的事实。
