然而这时期的中国，人口减少的原因，也有许多被现代人所忽略，首当其冲的，恐怕就是大瘟疫。瘟疫是中国从西汉中期开始，历代政府面临的一个难题。因为与匈奴的战争以及后来南匈奴的归附，产生于北方草原地区的“草原鼠疫病”，在之后的一百多年中，被不断地带到了中原地区。中国的大规模瘟疫，从西汉武帝开始就周而复始，西汉帝国的灭亡，导火索就是山东地区因为瘟疫而激发的农民起义。而且这种瘟疫以当时的中医水平来看，基本属于毫无办法的绝症。即使是西汉灭亡，东汉改朝换代，瘟疫也依然没有收敛，基本是每隔一二十年，就会在某个地方突然爆发。这种情况，基本贯穿了整个东汉时代，一直到东汉末年最杰出的医学家张仲景横空出世，写出了流芳百世的《伤寒杂病论》，大规模瘟疫的破坏力，才从此开始得到遏制。
而另一个原因，就是从东汉中前期开始，中国持续不断的自然灾害。我们今天说到东汉的科技成就，自然少不了说张衡的地动仪，地动仪这个伟大发明的产生，就是拜东汉时期频繁的自然灾害所赐。仅以地震而论，东汉中后期地震发生的频繁程度，在整个中国历史上都是罕见的。比如东汉的陇西地区，在东汉和帝、桓帝、灵帝、献帝时期都曾爆发大规模地震，正是因为地震造成了巨大的破坏，才促成了与地震有关的发明相继涌现。在东汉晚期，还出现了极其反常的大规模蝗灾与旱灾，比如东汉桓帝到灵帝的几十年里，北方大规模的蝗灾出现过5次，其中最严重的1次，几乎波及到整个长江以北的中原地区。这么大范围的蝗灾，在日后的中国历史上，也就是唐朝开元年间以及元朝末年的几次可以相比，堪称是“百年不遇”。与此同时，东汉最后的50年里，黄河有4次发生决口，长江流域的荆州与江东，先后发生了5次水灾。同时期，北方游牧民族居住的草原地区，也连续多年发生大规模旱灾，北方少数民族为了躲灾，纷纷南下到中原地区求内附，中国的人口迁移和流动，在这时期开始渐成高峰。
