白崇禧的晚景颇为凄凉。他到台湾后，便被蒋介石牢牢控制。
1964年2月，李宗仁归国前夕，在纽约《先驱论坛报》发表公开信，劝告美国政府调整中美关系，仿效法国政府，同中国建交。蒋介石逼迫白崇禧发出致李宗仁电，痛骂他这位老友是“自毁其历史”，“自绝于国人”，要李“远离宵小，以全晚节”。深知李白关系、曾任国民党地政部长的吴尚鹰看到他这封言不由衷的电文，在旧金山中文《世界日报》发表短评说：李宗仁与白崇禧自统一两广而至北伐抗战，甘苦与共，患难相扶持，数十年如一日。今李德邻（即李宗仁）身居海外，而白健生（即白崇禧）困处台北，则无不说话的自由。他实逼处此，不得不尔。言念及此，实可慨叹！
1966年，白崇禧惨死于台北家中，尸体呈铜绿色，衬衣被撕烂，浑身布满抓痕。他的死因至今仍是一个谜。
