JAS-39机翼下的稍大些的导弹是AIM-120中距主动雷达制导空空导弹，稍小的是“响尾蛇”近距空空导弹，将来还将装备更先进的空空导弹和各种精确制导空对地武器。 机身内还有一门“德发”27mm机关炮，这是一种介于美国20mm和苏联30mm之间的“中间型”火炮，被认为是火力与自身重量的较好结合。该炮的改进型被选为美国JSF的机载火炮。
2004年12月，南非空军表示为该机选用何种格斗导弹，尚未有定论。南非空军倾向于选用欧洲合作发展的IRIS-T 近距空空导弹，而参与该导弹发展的瑞典已经决定选用该导弹装备JAS-39。南非政界强烈希望选用国产的V3C“敏捷短矛”(A-Darter)，以支持基础薄弱的本国工业，为此寻求同巴西合作。但是，V3C的技术还远未成熟，目前只进行了飞行试验，还要经过较长时间的发展，工业界人估计还需要投入大约1亿美元的资金。
