JAS-39在设计上对减轻飞机重量是相当重视的，机体的25%由碳纤维复合材料制成。该机采用三角翼鸭式布局，利于提高飞机的机动性和敏捷性，该机机头指向能力颇受重视。机上装有全权限数字式飞行控制系统和先进的武器系统。
该机良好的多用途能力，使之适用于执行空战、对地攻击和侦察多种任务，并能在执行某种任务的过程中更改任务模式。这对于提高部队的快速反应能力是十分有利的。机上装有空对空战术信息数据传输系统，它能在飞机间以及飞机与海基、地基的探测装置间进行实时的信息传输。瑞典有关人士指出，该系统对提高机队的作战能力和快速反应能力有重要作用。机上装有一套任务计划系统，可由飞机探测系统收集到的信息自动对数据库进行修正，还可通过利用与其他飞机相连的数据链来提高其效能。飞机的信息收集能力利于缩短任务周期时间，以提高飞机出动架次数。
JAS-39在研制改进中十分重视提高该机的再次出动率。由一个包括一名机械师和五名机械员组成的维护保养小组进行维护，JAS-39执行空战任务的再次出动时间缩短为10分钟，执行对地攻击任务的再次出动时间缩短为20分钟。在研制中充分考虑了瑞典空军在战时的疏散使用原则，能在数量众多的公路跑道上起降。下图为JAS-39在狭窄的乡间公路上机动。
