其实在四月下旬，大顺军主力行进到距离江西九江不远的地方就被清军又一次追上。一通混战之后，清军攻入了大顺军的老营，将汝侯刘宗敏、军师宋献策、李自成的两位叔父（赵侯、襄南侯）以及一批将领家属俘获。这一突然事变使得大顺军将士的士气大沮。由于清军已经追击到九江一带，大顺军东下的路途就有可能在长江下游被截断，因为这时清军的东路豫王多铎部正在取道河南归德府、安徽泗州向南京迫近，随时有可能回师而上对大顺军实施包围。
李自成于是很敏锐地觉察出这一点，改变战略，掉过头来准备穿过江西北部转入湖南。于是在途经湖北通山县和江西宁州（今修水县）交界的九宫山下的时候，李自成本人发生了意外。这一幕一定是惊心动魄的场面，在明、清两方的文书里面则都有记载。南明的五省总督何腾蛟在隆武元年所写的《逆闯伏诛疏》中就说：
“臣揣闯逆知左兵南逞，势必窥楚，即飞檄道臣傅上瑞、章旷，推官赵廷璧、姚继舜，咸宁知县陈鹤龄等，联络乡勇以待。闯果为清所逼，自秦豫奔楚。霪雨连旬，闯逆困于马上者逾月，此固天亡之也。闯逆居鄂两日，忽狂风骤起，对面不见，闯心惊疑，惧清之蹑其后也，即拔贼营而上。然其意尚欲追臣，盘踞湖南耳。天意亡闯，以二十八骑登九宫山为窥伺计。不意伏兵四起，截杀于乱刃之下。相随伪参将张双喜系闯逆义男，仅得驰马先逸。
而闯逆之刘伴当飞骑追呼曰：‘李万岁爷被乡兵杀死马下，二十八骑无一存者。'一时贼党闻之，满营聚哭。及臣抚刘体仁、郝摇旗于湘阴，抚袁宗第、蔺养成于长沙，抚王进才、牛有勇于新墙，无不众口同辞。营内有臣晋豫旧治之子衿氓隶，亦无不众口同辞也。张参将久住湘阴，郝摇旗现在臣标，时时道臣逆闯之死状。
嗣后大行凶问至（指弘光帝被清军俘获），剿抚道阻音绝，无复得其首级报验。今日逆首已泥，误死于乡兵，而乡兵初不知也。使乡兵知其为闯，气反不壮，未必遂能剪灭，而致弩刃之交加，为千古大快也。自逆闯死，而闯二十余万之众初为逆闯悲号，既而自悔自艾亦自失，遂就戎索于臣。逆闯若不死，此二十万之众，伪侯伪伯不相上下，臣亦安得以空拳徒手操纵自如乎？”
何腾蛟的这份奏疏是关于李自成牺牲在湖北通山县九宫山下的最原始文献之一。由于几个月以后李自成的部将接受了他的节制，他有充分的条件从大顺军将领及士兵的口中获悉李自成牺牲的经过。
而清军负责追击李自成的统帅阿济格也向清廷报告了李自成的死讯。他说，大顺军在九江地区失利后，尽力穷窜入九宫山。他们在山中到处搜寻，也没有找到李自成。降卒和被擒的大顺军士兵都说李自成逃走时被村民围困，不能逃脱，自缢而死了。于是找了认识李自成的人去认尸，但是尸体腐烂，无法辨认。李自成是死是活，还得继续察访。
阿济格的奏疏在主要情节上（时间、地点和牺牲经过）同何腾蛟的报告相一致，因为他的消息也是由当时原属于大顺军的兵卒所提供的，也具有相当的准确性。
清初的史家费密在其所着《荒书》中对李自成牺牲的经过作了如下的描写：
“大清追李自成至湖广。自成尚有贼兵三万人，令他贼统之，由兴国州游屯至江西。自成亲随十八骑由通山县过九宫山岭即江西界。山民闻有贼至，群登山击石，将十八骑打散。自成独行至小月山牛脊岭，会大雨，自成拉马登岭。山民程九伯者下与自成手搏，遂辗转泥滓中。自成坐九伯臀下，抽刀欲杀之，刀血渍，又经泥水不可出。九伯呼救甚急，其甥金姓以铲杀自成，不知其为闯贼也。武昌已系大清总督，自成之亲随十八骑有至武昌出首者，行查到县，九伯不敢出认。县官亲入山谕以所杀者流贼李自成，奖其有功。九伯始往见总督，委九伯以德安府经历。”
费密的这段记载相当详细，文中提到的牛脊岭则的确是当地的地名，而程九伯也确有其人，康熙四年《通山县志》有他的小传：“程九伯，六都人，顺治二年五月闯贼万余人至县，蹂躏烧杀为虐，民无宁处。九伯聚众，围杀贼首于小源口。”另查《德安府志》职官志“国朝经历”条下第一人即“陈九伯，通山人，顺治二年任”。姓名虽稍误，但也证明程九伯确实得到了清政府的奖赏。
