虽然北朝的持明院统居住在京都，但象征天皇神权的“三神器”却在南朝大觉寺派的手里，故其自认为正统。随时间推移，南朝势力不断衰退，南北统一已成趋势。1392年，足利义满致函南朝的后龟山天皇，提出统一的三个条件：南朝将神器交还给北朝;今后皇位由大觉寺派和持明院派轮流继承;诸国领地由两个皇室分别管辖。
最后谈判成功，后龟山天皇交出“三神器”，自己进入京都大觉寺当了上皇。然而，足利义满并未兑现诺言。后小松天皇得到神器后，宣布由皇子实仁亲王继承皇位。后龟山天皇的后代们发现上了当，但为时已晚。对峙五十六年的南北朝完成统一。
这段历史与一休不无关系。据《一休和尚年谱》，一休的亲生父亲正是后小松天皇，而母亲是南朝贵族家的后代。一说是藤原显纯的女儿藤原照子，另一说为日野中纳言的女儿伊予局。一休之母入宫侍奉后小松天皇十分周到，天皇原本对她也宠爱有加，这引起了一些人的嫉恨。
于是宫中开始流言散布，说她“有南志”，日日袍袖里藏着小剑，图谋刺杀天皇。说得多了，以假乱真，天皇也疑窦暗生，最后一休母亲被逐出宫去。
她当时已有身孕，怀的正是一休，于1394年1月1日将其生于京都。一休出生时乳名千菊丸，从天皇只有名而无姓。虽贵为皇子，但母亲有感政治斗争的厉害，出于爱护忍痛送小一休出家。1399年，年仅五岁的一休被送到京都附近的安国寺，做了长老象外鉴公的侍童，重新取名为周建。
被塑造的一休
动画片和迷你剧里，一休的故事都发生在安国寺里。实际上一休在安国寺只待了两年，便离开了。他五岁到十二岁的几年间，在一休弟子编纂的、可信度较高的《一休和尚年谱》上没有任何记载。但这恰是民间传说最为丰富的几年。
一休以智慧闻名于世，毋庸置疑。不过动画片长达298集，每集一个故事独立成篇，其实里边大部分事情并未发生在一休身上。而是人们出于对他的喜爱，自发地将许多机智小故事附着其上。有人指出，有些故事实际上转借自中国的禅宗公案。
