1933年5月26日，与吉鸿昌、方振武、佟麟阁在察哈尔张家口建立察哈尔民众抗日同盟军，任总司令，时任察省主席的部将宋哲元并不支持，但又不便反对，因而离职，之后冯率军攻下由亲日军队占领的多伦，引起一阵骚动。惟因实力不足且北平军事委员会分会方面也派遣凃思宗及徐思贤先生，策反冯系将领与给予番号，因此，冯玉祥忖于大势已去，遂电请北平军分会派员整编，愿意将抗日同盟军旗帜放下，1933年6月9日北平军分会代表凃思宗及徐思贤抵张家口，冯玉祥亲迎并请自图书馆由涂将军担任主席举行整编会议，商讨善后事宜后返鲁。
冯玉祥,蒋介石和阎锡山的合影
抗日战争时任国防最高委员会常委，第三、第六战区司令长官，不久被蒋中正撤职。1946年赴美国考察水利，并发表反蒋言论。1948年参加中国国民党革命委员会，任中央政治委员会主任。最终与以蒋介石为总裁及主席(总统)的国民党中央及中华民国国民政府彻底决裂。
1948年接受中国共产党的邀请，搭苏联轮船“胜利”号，由美返国参加中国人民政治协商会议第一届全体会议，8月22日，不幸中途因轮船出事而于黑海遇难，“胜利”号正向敖德萨港口进发时，轮上失火，冯玉祥被烟熏窒息致死，与女儿冯晓达一起罹难，享年66岁，其墓位于泰山西麓。
冯玉祥曾多次谋害政敌，张建功、郭坚、马廷勷、徐树铮等人均为其所暗杀。
1917年冯氏皈依基督教并受洗，还利用宗教力量来控制军队，故有“基督将军”的称号。
1953年时任中央人民政府政务院总理的周恩来在冯玉祥骨灰安放仪式上评价：“冯玉祥将军是一位从旧军人转变而成的坚定的民主主义战士;虽然和所有的历史人物一样，由于政治视野的局限，在他身上不可避免地存在这样那样的缺陷，但是，瑕不掩瑜，冯玉祥将军为中国民主事业的贡献，将是永垂不朽的。”
1959年的庐山会议上，林彪称彭德怀“是野心家、阴谋家、伪君子、是冯玉祥式的人物。”
1982年乌兰夫(次年担任中华人民共和国副主席)在冯玉祥诞辰100周年纪念大会上评价：“冯玉祥将军是一位杰出的爱国主义者，可敬的民主斗士，著名的军事家和政治家，中国共产党的真挚朋友。”
