赖传珠在新的军部建立后，大力协助陈毅、刘少奇、张云逸和饶漱石等军政主官，领导新四军全面贯彻中央战略方针，与日、伪、顽进行坚决斗争，开启了华中抗日战争的新局面。经过八年艰苦抗战，先后创建了苏中、淮南、苏北、淮北、鄂豫边、苏南、皖江、浙东8块抗日民主根据地，解放人口3400万，成为向敌后反攻的重要战略基地。赖传珠亲自参与指挥了许多重要的战役战斗，包括粉碎敌人万余人的大“扫荡”。在大反攻的20多天里，他就协助组织根据地军民歼灭日伪军2.8万余人，解放县城32座，使苏中、苏北、淮南、淮北解放区连成一片，最终迎来了华中抗日战争的伟大胜利。新四军抗战八年，共歼敌47万人，歼顽军14万人，自身（含地方武装）发展到31万人，被誉为“华中人民的长城”。新中国成立后，这支部队出了1位元帅、4位大将、13位上将、48位中将、306位少将。赖传珠就是13位上将中的一位。 这里还要指出一点，作为参谋长，赖伟珠的职责之一就是管理经费，这项工作在当时真是太难了。由于蒋介石取消了新四军的番号，自然不会提供军费，新四军全靠自力更生、精简节约解决经费问题。赖传珠《日记》中关于经费工作的记录为数不少。1941年4月7日载：“开会，动员节省粮食，规定每人每天吃粮一斤。”当时，八路军人数更多，困难更大，赖传珠还想尽办法支援八路军。《日记》1941年9月30日载：“晚上开会决定，慰劳八路军百万元”，“明年共给中央经费240万元”。
抗日战争胜利后，赖传珠被调往东北战场，历任第四野战军军政委、十五兵团政委，参加了辽沈战役、平津战役和渡江战役。接着，又率部挥戈南下，解放赣西北和赣西南。从吉安开始，到整个赣西南20多个县市，都是十五兵团所属第四十八军解放的。尔后，十五兵团进军广东，用木船打军舰，把红旗直插海南岛，为中国人民的解放立下了赫赫战功。
