抗日战争爆发后，赖传珠调到新四军工作。历任新四军参谋处长，江北指挥部参谋长，华中八路军、新四军总指挥部参谋长，新四军参谋长，参与了抗日战争时期新四军的全部活动。新四军从组建到撤销建制的10年间，军长、副军长、政委、政治部主任都有更换，唯有参谋长一职长期由赖传珠担任，被誉为新四军的“大管家”。 1937年12月，赖传珠率一批军事干部20余人从延安到武汉与叶挺、项英会合。1938年1月6日，赖传珠随项英抵达南昌。他一面协助叶挺、项英组织南方红军游击队下山、集中和改编，一面协助参谋长张云逸主持参谋工作。赖传珠奉命到湖南平江等地向湘鄂赣游击区领导人及游击队传达中共中央指示，宣讲国共第二次合作的原因与意义，向游击队员做深入细致的思想工作。他代表中共中央东南分局宣布湘鄂赣红军游击队编入新四军第一支队第一团，傅秋涛任第一支队副司令员兼第一团团长，留下少数同志，在湘鄂赣特委领导下继续坚持斗争。南方红军游击队改编为新四军的工作，是在队伍分散、交通不便、联络困难的条件下进行的，非常艰难。思想工作要更耐心，组织工作要更细致，各项安排要更周密。在中共中央东南分局和新四军军分会的坚强领导下，仅仅两个多月的时间，南方红军游击队就完成了下山和集中整编为新四军的光荣任务，这是一个奇迹。赖传珠在湖南工作了10天，顺利地完成了东南分局交给他的任务，是这个奇迹的创造者之一。
1938年2月6日，南昌新四军军部接到命令，限长江以南各支队于2月20日前在安徽岩寺集中。因参谋长张云逸在福建进行游击队改编的工作，副参谋长周子昆在武汉学习，赖传珠实际代行他们的职责，立即打电报给在外地的叶挺军长、项英副军长等，并通知各支队制定行军路线和出动日期。待叶挺返回南昌后，赖传珠将整理好的各部队下山集中情况、行军路线地图、各种统计材料以及文稿呈报叶挺，为叶挺决策提供可靠依据。叶挺随后召开新四军军政会议，对各部队前往岩寺集中问题进行了详尽安排。4月5日，新四军军部抵达岩寺。第一、第二、第三支队也先后到达岩寺。20日，赖传珠协助军首长完成了接受第三战区点验的任务。之后，新四军在大江南北与日本侵略军直接作战。据赖传珠日记1938年9月29日载，新四军4个月“共作战108次”，取得辉煌战果。
