新中国成立后，赖传珠调任中央军委总干部部第一副部长，协助总政治部主任兼总干部部部长罗荣桓领导全军的干部工作，责任重大。他在选配干部时，认真执行五湖四海、任人唯贤的干部政策，兼顾各个部队和军兵种，做到了以身作则。1955年1月，中央军委发布《关于评定军衔工作的指示》，1955年2月，全国人大公布了《中国人民解放军军官服役条例》，规定我军从1955年9月开始实行军衔制度。军衔是军人等级和身份的标志，也是国家给予军人的荣誉。评定军衔工作，是由赖传珠具体负责的。由于这是我军第一次评定军衔，要顾及方方面面，又没有经验可循，工作非常难做。笔者在访问赖传珠将军的夫人孙湘同志时，她就谈到：“评军衔的工作非常繁忙、复杂、细致，赖传珠为此费了大量心血，经常夜不能眠。但在中央军委的领导下，他对这项工作做得有条有理，完成得很好。”当时，军衔制规定元帅分为大元帅和元帅两级，但***发扬风格，拒受大元帅军衔，因而实际上大元帅军衔成为空缺。周恩来、刘少奇、邓小平等也高风亮节，未受军衔。为了使授衔工作顺利进行，赖传珠主动提出自己评为“中将”。后经中央军委研究决定给他授予“上将”。
1958年11月，赖传珠被中央军委任命为北京军区政治委员。他对部队的思想政治教育、军事训练、文化教育、党的建设等方面，都提出了明确具体要求。由于他和司令员杨勇紧密团结协作，使部队出现了新局面。次年10月，他被中央军委任命为沈阳军区政治委员；11月，中共中央决定赖传珠任沈阳军区党委第一书记。他首先抓军队工作的大方向，即“党指挥枪”，确保军队置于党的绝对领导之下。他说：“军区党委要抓的工作很多，最根本的是要坚决落实党中央、毛主席和中央军委制定的一系列方针政策。”他注重抓学习，强调各级党委和高中级干部要带头学习马列主义和***思想。他提出沈阳军区每年要办一期理论轮训班，要求高级干部系统学习《共产党宣言》《社会主义从空想到科学》《国家与革命》等经典着作，并通读《***选集》。他自己带头学习，把《***选集》放在身边，常读不懈。他还强调领导班子要团结。他经常说：要“像爱护自己的眼睛一样，坚决维护党委班子的团结”。他和司令员陈锡联共事6年，坦诚相待，关系非常好，重大事情始终保持一致。赖传珠逝世后，陈锡联万分悲痛。他在悼念文章中说：“我们在一起工作，配合非常默契，彼此非常信任，互相非常支持，步调非常一致。”“我和他在一起工作，始终感到非常亲密，非常融洽，非常合拍。”“正是在我和赖传珠同志紧密团结的影响下，我们军区领导班子非常团结，从而带动了各级领导班子非常团结。”陈锡联用了“9个”非常，高度评价了赖传珠的人格魅力及对军队建设的卓越贡献。
