对于南海问题，日本一直认为中国在南海的人工岛建设是单方面改变现状，中国正在南海搞军事化。而且对美军在南海的“自由航行”行动表示支持。今年以来，日方已采取了多项实际行动介入南海事宜：向菲律宾出租海上巡逻飞机、提出要加大对东盟国家的资金支持、派遣训练编队出访越南和菲律宾。因日本参与南海问题引来中方的反对，岸田曾一度放弃访华行程。
在2月29日于东京举行的中日副外长级磋商中，中方表示将积极考虑岸田4月访华事宜。随后两国政府继续沟通，基本敲定岸田于4月访华的日程。但同时，中国外交部部长助理孔铉佑也表示与南海问题无关的日本不要在旁边指手画脚。中方进而要求日本在5月由其主办的七国集团峰会上不讨论南海问题，遭到了日方的拒绝。
共同社分析，如果日方在南海问题上再次牵制中国，预计将招致中方态度强硬化，进而影响岸田的访华日程。也有意见推测受围绕南海问题的中日摩擦影响，本此岸田访华不会取得太大进展。
共同社称，日本还建议进行首脑级别的互访，试探安倍首相夏季访华的可能性，中方鉴于南海问题而未同意。日本分析人士认为，日方提出“夏季”访华是出于参院选举即将在今夏举行的考量，以期彰显外交成果。但鉴于安倍在南海问题上制衡中方，中方官员表示不明白日本看待中国究竟是敌是友，也就不了了之。
尽管中日近来在南海问题上出现矛盾，但两国一直接触不断。中国驻日本大使馆发言人何振良在1月27日指出，“中日关系自2014年11月开始改善以来，现在应该说已经走上了改善的轨道。”但他同时表示，改善的势头还是比较脆弱，两国相互不持好感的的民众比例还很高，将继续加强民间交流和高层对话，来改善两国国民感情，促进两国关系发展。
