1984年9月，红旗-9远程高空防空飞弹被正式列入预研。 红旗9号的故乡，是著名的航天机电集团二院。二院设计中的型号包括中俄合作的下一代中近程，中低空垂直发射防空飞弹16号工程（红旗16）。
从1997 年起在空军导弹部队中少量服役。舰载型部署在解放军海军052C型防空导弹驱逐舰上。“红旗”-9 的反辐射型名叫“飞腾”-2000（FT-2000），已经开始进入出口市场。
“红旗”-9 研发项目于八十年代早期开始。起初的导弹设计是基于美国的“爱国者”（PAC）防空导弹，但后来结合了俄国 S-300 导弹的设计和技术。像“爱国者”一样，“红旗”-9 使用“通过导弹跟踪”（TVM）的末制导系统。早期的原型弹是从“爱国者”那样的倾斜箱式发射架上发射，但由于固体燃料火箭技术不合格，导弹尺寸超大。在九十年代初从俄国进口了S-300PMU后，“红旗”-9进行了重新设计，结合了俄国导弹发动机、气动布局和发射系统。由此产生的“红旗”-9A。研制“红旗”-9 起初是为了取代解放军大量而陈旧的“红旗”-2（中国版的苏联/俄罗斯 SA-2 导弹），但缓慢的进度迫使解放军转而购买俄国的 S-300PMU。但我国对这个跨世纪的重点工程一向极为重视，即使决定引进 S-300PMU1 也没有终止发展红旗-9。
弹头与其它飞弹一样是无线电近炸引信触发的预制破片高爆式。在量产型防空飞弹中，红旗-9 的体积仅次于 SA-4, SA-200, S-300V 和胜利女神，名列第五。最高速度 4.2 马赫，远低于天弓二型以外的其它第三代飞弹；最大飞行时间超过 2 分钟，原因是使用较落伍的聚醚聚氨燃料，受限于推进效率低，被迫多装载燃料才能达到最大射程。
