透过长年的修炼，修行者的身体内聚集了巨大的能量，当他面对死亡之际，就让这能量把肉体转化为最初组成身体的光质，色身融化在光中，然后完全消失。不过由于所修法门的不同，修行者的虹化过程也会出现不同的现象。较普遍的有两种：
一种是修行人圆寂前，要求独处，死后7天不要动他的遗体。房间里会充满奇异的彩虹般的光。到第8天，人们打开房间，只见修行人的遗体已经消失，只留下头发和指甲。
另一种修行人圆寂前是要独处，但允许亲传的弟子在身边，修行人如常盘坐，身体自燃，一道彩虹冲天而去。
[物理学解析]
西藏高僧的虹化现象(肉身化做彩虹消失)一直是未解之谜，由于物理学家们没有亲眼见过，以为那只是传说，所以一直没有人去研究。本人一直关注世界理论物理学与实验物理学的前沿研究进展，试图就这一现象做一些初步探讨。
高僧虹化，大多是在涅槃前独自关在房间内(要求七天之内勿扰)进行(外人可见整个寺院周围不断出现圆形彩虹)，但也有当着众多人的面，在几秒内完成，其时有噼啪的类似爆炸的声音。有很多留下了头发、指甲，也有连头发指甲都没有留下的，但有一个共同特点，就是衣服留下了。
由这些我们可以做出判断，高僧虹化不是其肉身进入了高维度的空间(比如行者穿墙过壁时是带着衣服穿越的)，而是其肉身转化为了能量，或肉体物质消散同时释放出能量，能量以彩虹形式出现为我们所感。
我们先探讨肉体物质消散的机理。一杯放在干燥地带的水，水分会慢慢减少乃至最终消失，其原因是水体表面的水分子脱离粘附力进入空中，游离而去，这就是水的挥发。固体物质的风化，则增加了物质与空气的化学反应。
但是，这些都不是短暂的，有一个比较长的过程。要使肉体在短时间内消散，有一个办法，就是让肉体物质内部的所有分子在原子或更小的粒子层面的粒子之间的相互作用力消失，从而使他们分崩离析，消失于空中。
可是，高僧虹化时，是肉身逐步缩小乃至消失，并不是从皮肤开始溃烂消失乃至体内物质逐渐消失。可见，虹化不是肉体物质在分子或原子或以下粒子层面挥发性消散了。那么，肉体物质是如何消失的呢?
肉体物质转化为能量，不是以内部燃烧的形式，因为高僧虹化时，没有烟焦痕迹。那么，还有什么办法可以让肉体物质消失?
一个非常重要的推断是，在体内制造出反物质，物质和反物质一旦相遇，立即转化为光，这似乎符合虹化(也产生光)的原理。反物质是物质的镜像。物质由原子组成，原子又由质子、中子和电子组成。质子带正电，电子带负电，中子不带电而有一定的磁性。所谓物质的镜像，就是还有一种质子带有负电，叫反质子;还有一种电子带正电，叫反电子;也还有一种磁性正好与前面所说的中子相反的中子。这些统称为反物质。
反物质和物质水火不相容，一旦相遇，就相互吸引、碰撞而全部转化为光。有一种宇宙大爆炸理论认为，当初的宇宙是一个奇异点，突然发生了爆炸，产生了截然相反的物质世界和反物质世界，并越来越远离。但是，这个理论现在越来越受到质疑，因为爆炸之前的能量积蓄是怎么进行的?为什么会有如此奇怪的巨大爆炸产生?这两个关键问题无法解答。
这个理论直接迎合了上帝创造世界的神学观。而且传统观点认为，反物质不可能在物质内部产生，这似乎说明肉体内部不可能产生反物质。
但是，美国能源部费米国家加速器实验室国际费米碰撞探测器合作组的科学家在2006年9月25日表示，经过严格的审订后，他们正式宣布测量到物质与反物质以每秒3万亿次的速率进行相互转变的研究成果。国际费米碰撞探测器合作组共有700名科学家参加，他们工作在13个参与国中的61家研究机构中。
