相对于杖刑、夹棍等刑罚，厂卫不常使用的几大酷刑可就令世人不寒而栗了，在几大酷刑中，刷洗、油煎、灌毒药、站重枷能把人折磨得死去活来，生不如死。
灌毒药：特务们灌一次毒药，然后喂一次解毒药，然后再灌另一种毒药，直到将犯人毒死，目的是使犯人尝遍了死的恐怖和痛苦，特务们从旁观赏。
站重枷：明代的这一刑法很特别，戴枷之人必须站立，不准坐卧。枷的重量超过常人体重，最重曾经做过300斤的大枷，给犯人戴上后几天就得活活累死。据明朝野史记载，厂卫杀人的酷刑还有剥皮、铲头会、钩肠等。据说，这些刑罚又要胜过以上所说的几种酷刑。
锦衣卫直接受命于皇帝，其他官员无权干涉他们的所作所为。因此，锦衣卫事实上就有了一把至高无上的保护伞，其飞扬跋扈的程度甚至可以不把三法司放在眼里。但为了遮挡天下人的视听，锦衣卫往往将审理好的结果交给刑部。因此，在当时人眼中，锦衣卫及“诏狱”成为最高的刑法审理机构。“法司可以空曹，刑官为冗员矣!”三法司的职能与权力为皇帝及锦衣卫所剥夺，实际上导致了王朝法制系统的破坏，朝廷法权竟成为锦衣卫官吏胡作非为的工具。
