“三十八年十二月九日，我随行政院长阎锡山在成都新津机场乘最后一架飞机撤退来台。同机的尚有政务委员陈立夫、行政院副院长朱家骅、秘书长贾景德等人。记得那日，我赶到机场上机时，见阎锡山坐在一口箱子上，身体摇摇晃晃的，神情若有所思。朱、陈两人对我说：『我们的生命安全全操在他坐的那两口箱子上』”杭立武再仔细观察，才晓得“这两口箱子里装的全是黄金。重量超重，对飞行安全构成威胁。陈、朱两人认为我与阎百川的交情比较好，要我说服阎，不要带黄金走。”杭立武婉拒说服阎锡山，他说：“阎携带这些黄金，并不是为他个人，而是为了山西人的生活着想。”阎锡山像是保命似的，护住箱子，死不肯放弃那一箱黄金。飞机上的人都拿阎锡山莫可如何。陈立夫事后也在自己的回忆录中如是说：“第二天启程前，机师对我说，为免发生危险，飞机不能超载。我乃商请阎院长，他宁可减少几名卫士，也坚持金条非带不可。我们全安到了台湾。后来我听说当年阎院长离开山西出来，他带了许多靠他接济的干部，因此金条对他是必携之物。可是我们的性命也几乎因金条而断送了，这是何等的讽刺，何等的矛盾不调。”
也多亏有这么一箱从山西老家带出来的黄金，才可以自给自足，不仰人鼻息。在国民党败退台湾，风雨飘摇之际，阎锡山以“行政院”院长的身份，呼吁组织选训所谓“革命能种干部”，这个所谓的“革命能种干部”没有组建，他已经为时势所迫，准备鞠躬下台，并且到台北近郊挖了一个“能种洞”去离群索居了。
杭立武和陈立夫说的一点都不错，要不是有那一箱黄金，阎锡山到台湾恐怕连安身立命的凭借都没有了。
阎氏择居的菁山，日据时代原本是一处未完工的农场，该地没有通汽车的公路，只有山间小径可以抵达，也没有自来水、电灯、电话等，现代生活基本条件全部付之阙如。有人看到阎锡山住的地方这么简陋，他却完全不在意，而且还有一套理由自我解释：“愈静愈好”。完全不以为苦。
刚到阳明山菁山地方，连象样的住处都没有，最初只起造了几间很简陋的木造草顶房子，暂时居住。住了一阵子茅草房子，阎锡山忽然怀念起山西老家的窑洞，冬暖夏凉。特地找了一些石块建材，以石旋筑成像是北方窑洞的居处，特地取名为“种能洞”。在“种能洞”的旁边，他请工匠刻了一块石碑，记下他建筑“种能洞”的动机。这块石碑的记载内容，也隐约说明了阎锡山定居台湾之初，他的内心想法与境遇：
“我到台湾因不耐炎热与暴风雨的侵袭，建茅屋于金山山麓。移居以来，想起内地冬暖夏凉不怕风雨的窑洞来。我问台湾同胞，台湾为什么没有窑洞？他们说，窑洞有三个缺点：一潮湿，二空气不流通，三怕地震，适于北方，不适于台湾。这三个缺点，经研究全可补救。使用洋灰，就防了潮湿。开前后窗户，就能使空气流通。至于防地震，窑洞与楼房性质一样，是看建筑上的设施如何。我遂动念建筑一所窑洞。台湾房屋，中国式，西洋式，日本式均有，特取三式所长，融合为一，为台湾同胞作试验。此窑命名为种能洞，因我向以种能观察宇宙，为配合我的宇宙观而名之。
阎锡山 民国三十九年十一月十一日兵农合一节于金山茅屋中”
阎锡山住的山区，当时交通条件比较差，但是，在他看来，这反倒是一种优点，可以与世隔绝。二、三十名昔日山西时期的旧部属，也全部跟随他一块定居到这个偏僻的山间，他把这些昔日旧部组织起来，成立了“小组会”，追随他一块在深山里读书、研讨。“小组会”的主持人当然非他这位“山西王”莫属，他似乎有意效法春秋时代述而不作的孔老夫子，带着门下得意弟子，弦歌不绝。虽然，阎氏的“门生”教育水平不高，他自己的学问文章，也不如孔老夫子远甚。
活在二十一世纪初叶的我们，实在很难想象，在一九五０年代，逃到台湾的国民党高官犹在惊魂甫定之际，阎锡山内心世界究竟是如何盘算着自己的未来。然而，“阎老西”仍有一种苦中作乐的况味。他在一九五一年六月八日的一次“小组会”的谈话中指出：“从记录上看，五周来对言语检讨的进度，大家在言语上有了相当的进步，但还未将改进自己做为努力的目标。因为过去大家习于流动的生活，等待的方式，后来到菁山虽有学习进步的风尚，而是由前者改进而来，不如一来就是以学习为目的的收效为大。…”
对官场，阎锡山算是彻底断念绝望了，曾经担任过他“行政院”秘书长的贾景德，事后回顾，到台湾以后，阎先生除了见蒋介石的时候，平常很少听见他讲话。而是把全副心力用在写作上面。十年间，写了数十种书籍。以他七十几岁的年龄，每日写作的时间仍在十四小时左右。友人说，阎锡山的人生观是工作，工作是他惟一乐趣，消闲反而是痛苦。
阎氏的友人缪玉青回忆，阎锡山喜爱思考研究，每日除了睡觉的时间，几乎整天都在思想研究事情，即使在走路、如厕、吃饭，乃至躺上床铺，都还在想事情。缪玉青说，好几次看到阎锡山吃饭时若有所思，甚至呆若木鸡，不是忘记了吃饭，就是老吃一样菜，要人提醒，他才吃别的菜。
阎锡山不但自己工作成狂，他还规定部属，只在旧历年休假一天，这些从年轻时代追随其左右的人，也向来无怨无悔。
晚年不理政事，生病以后，阎锡山也不住进国民党高官专属的“荣民总医院”，而是自费去台湾大学附设医院看病。一九六０年五月二十三日，阎锡山突因心脏病发去世于台大医院，得寿七十八。阎锡山弃世之前，留下遗言数条：一、余死之后，一切从简，二、收挽联不收挽幛，三、灵前供无花之花木，四、出殡以早为好，五、不要放声而哭，六、墓碑刻余之思想日记第一百段及第一百二十八段…
阎氏咽气时，他的夫人徐竹青女士低头悲曰：“辛苦一世，至此安息”，说完，痛哭失声。
