由于有国际合作伙伴的参与，供F-15SE使用的内部武器挂架的设计、研发和试飞将比较顺利。目前波音公司已经完成了带有内部武器挂架的保型油箱的概念设 计，并且计划在2010年第一季度之前试飞F-15SE原型机，其中包括进行该机的机载导弹实弹发射测试。 2009年3月，波音表示，首架F-15SE原型机是在波音公司F-15E1验证机的基础上改装的，后者是波音公司向美国空军租用的一架F-15E，用于各种先进技术的演示验证。原型机的保形油箱由美国空军提供，波音公司自己将它改造成了弹舱，其弹舱的舱门都采用复合材料制造。波音公司还透露，F-15SE原型机上采用的外倾双垂尾只是用于展示，实际上它还没有与飞机的机身结构集成在一起。Jones称采用这种设计是因为它可以像F-22A、F-35和F/A-18E/F的类似设计一样降低RCS，同时在客观上还能增加飞机后体的升力(尽管这不是设计着眼点)，这使工程师们能够减少该机前部的配重。Jones还表示F-15E1将从2010年第一季度开始试飞，这些试飞将只评估CFT式弹舱的使用，在此期间该机仍将采用F- 15E的直立垂尾。在今年10月之前，波音公司将探索CFT式弹舱的武器搭载、动力学、弹药分离和大量相关的地面支援与保障问题，并在当年底之前完成对 F-15E1的改装。 波音公司还计划在该机的翼面和机体某些边缘采用吸波涂层，但其应用和出口必须得到美国政府的批准，而波音公司尚未就此问题与美国政府展开谈判。目前的F- 15E还没有采用这些涂层。但Jones宣称，F-15SE的前向RCS可以做到在设计时就可虑了降低RCS的F-35相当的水平。不过他也承认，F- 15SE的推进系统将缺乏隐身特征，包括不会在发动机前加装雷达波阻塞器(F/A-18E/F采用了这项设计)。此外该机机体后部还将缺少红外信号抑制器来降低发动机喷流的红外辐射强度。但波音公司这样处理很大程度上是为了降低成本。 F-15SE的另一设计特征是用一套全新的综合式DEWS取代了以前由4个外场可更换单元(LRU)组成的电子战系统。该系统的雷达告警接收机、干扰机、干扰弹投放装置和干扰消除器等都被更好地与有源相控阵雷达集成在一起。每个垂尾的尾撑内都有2个干扰弹投放装置，以及DEWS系统的天线和发射机。按Jones的说法，包括备件和RCS缩减材料的保障在内，一架新制造的F-15SE的出厂单价约为1亿美元，和F-15SG差不多(尽管波音公司从未公布过其价格)。目前，波音公司已在推进F-15SE的制造工作。
